Ubuntu 24.04へのアップデートについて

セキュリティの観点からUbuntu 24.04へのアップデートを実施します。このアップデートにより今まで使えていたソフトウェアがそのままでは動かなくなる場合があります。旧バージョンのUbuntu 20.04を再現する方法を用意しておりますので、必要に応じてご利用ください。

アップデートのスケジュール

ログインノード、ユーザーサービスサーバ

全台Ubuntu 24.04へのアップデートが完了しました。ログインノード、ユーザーサービスサーバはUbuntu 24.04で稼働しています。

計算ノード

通常の計算ノード（mjobs, mjobs2, lljobs）は随時アップデートを行います。半分ずつアップデートを行うため、ジョブが実行できない期間はありません。2026年6月23日現在はUnit Cのアップデート作業中です。Unit C、Unit A、Unit Bの順にアップデートを行う予定です。GPUノードと大容量メモリノードは各Unitに1台ずつしかないため、アップデート作業中は利用できません。作業期間は別途お知らせいたします。現在はUnit CのGPUおよび大容量メモリノードのアップデート作業中です。

変更点

  • module load コマンドで利用できるソフトウェアが変更になります。

    • 例としてR-recommendedはR 4.4以降向けのみ用意されています。

    • R 4.2以前など旧バージョンのRについてもUbuntu 24.04向けには用意しておりません。

  • 標準で使えるPythonやperlのバージョンが変更となります。

    • 必要に応じてmodule loadコマンドで利用できるPythonやperlのバージョンを切り替えてください。

  • Ubuntu 20.04向けに作成されたソフトウェアの一部は動作しない可能性があります。
  • SLURMのパーティション名が変更になります。

    • mjobsはmjobs_24、intrはintr_24、mjobs2はmjobs2_24、intr2はintr2_24になります。

    • デフォルトパーティションはmjobs_24に変更になりました。

    • mjobs, intr, mjobs2, intr2のパーティションは計算ノードのOSが全てUbuntu 24.04に変更されたのちは廃止予定です。

  • SLURMでジョブを投入するときは環境変数が引き継がれるため、OSのバージョンが異なるパーティションに投入する場合には問題が発生することがあります。

    • SLURMのジョブ投入時に--export=NONEオプションを指定することで、環境変数を引き継がずにジョブを投入することができます。

    • module loadでソフトウェアをロードしている場合には問題になりやすいため、ジョブ投入時に--export=NONEオプションを指定することを推奨します。

    • 投入するスクリプトの中でmodule loadが機能しない場合にはsource /etc/profile.d/zz-modules.shを実行してからmodule loadを実行してください。

  • R Studioがアプリケーションメニューから立ち上げることができなくなりました。

よくある質問

sbatchしたジョブで module load コマンドを実行すると couldn't read file "/usr/local/software/ubuntu-24.04/tools/modules/5.5.0/libexec/modulecmd.tcl": no such file or directory というエラーが出る

計算ノードがUbuntu 20.04でログインノードがUbuntu 24.04の場合にエラーが発生します。解決方法としては以下の3つがあります。

  1. スクリプトの先頭3行を以下のように変更し、環境変数を引き継がないようにしてください。これにより、Ubuntu 20.04向けのファイルを正しく読み込むことができます。

#!/bin/bash
#SBATCH --export=NONE
. /etc/profile.d/zz-modules.sh

  1. Ubuntu 20.04向けのソフトウェアを継続して利用したい場合には、旧バージョンのUbuntu 20.04を再現する方法を利用してください。ログインノードでenter-ubuntu20.04コマンドを実行してからジョブを投入することで、エラーを発生させずにUbuntu 20.04向けのソフトウェアを利用することができます。

  2. 計算ノードでもUbuntu 24.04向けのソフトウェアを利用した場合には、sbatch時に-p mjobs_24を指定することでUbuntu 24.04の計算ノードにジョブを投入することもできます。ログインノードで動作確認を行ったスクリプトを実行するときはこちらの方法を推奨します。

以前利用していたソフトウェアが module load コマンドで利用できなくなった

Ubuntu 24.04では一部のソフトウェアは利用できません。新しいバージョンのソフトウェアに変更するか、旧バージョンのUbuntu 20.04を再現する方法を利用してください。

旧バージョンのUbuntu 20.04を再現する方法

Singularity コンテナを利用して旧バージョンのUbuntu 20.04を再現する方法としてenter-ubuntu20.04コマンドを用意しております。

利用方法

  • enter-ubuntu20.04を実行すると、Ubuntu 20.04のSingularityコンテナに入ることができます。

  • enter-ubuntu20.04 SCRIPT.shを実行すると、SCRIPT.shをUbuntu 20.04のSingularityコンテナ内で実行することができます。

制限事項

  • Singularityコンテナ内でSingularityコンテナを起動することはできません。

    • 一部のソフトウェアはSingularityコンテナとして提供されているため、これらのソフトウェアを利用することはできません。

どのOSを利用しているかの確認方法

現在、計算ノードはUbuntu 20.04とUbuntu 24.04の両方が混在している状態です。どちらのOSを利用しているかは、以下のコマンドで確認できます。

$ grep "VERSION=" /etc/os-release

Ubuntu 20.04の場合は以下のような出力が得られます。

VERSION="20.04.4 LTS (Focal Fossa)"

Ubuntu 24.04の場合は以下のような出力が得られます。

VERSION="24.04.4 LTS (Noble Numbat)"

enter-ubuntu20.04コマンドでUbuntu 20.04のSingularityコンテナに入った場合も、同様のコマンドで確認できます。