各種ソフトウェアの利用方法¶
ToMMo スパコンでは多くのユーザーが必要になるソフトウェアをインストール済みです。それぞれのソフトウェアはEnvironment Moduleを利用してユーザーごとに必要なソフトウェアとバージョンを選択して利用できるようになっています。
ここでは基本的な Environment Module の使い方を説明します。
インストールされているソフトウェアの確認方法¶
インストールされているソフトウェアは以下のコマンドで確認可能です。ソフトウェアにも一覧はありますが、以下のコマンドで確認できる内容が最新の情報になります。
module avail
実行すると以下のような表示になります。
------------- /usr/local/software/ubuntu-20.04/modulefiles/shell --------------
bash/4.4.18 dash/0.5.11.5 fish/3.3.1 tcsh/6.24.00
bash/5.1.16 fish/3.2.1 powershell/7.2.2 zsh/5.8.1
------------ /usr/local/software/ubuntu-20.04/modulefiles/library -------------
almosthere/2.0.2 boost/1.78.0 isa-l/2.28.0 libgtextutils/0.7
boost/1.75.0 elapsed/3.0.4 isa-l/2.29.0 pcre/8.44
boost/1.76.0 isa-l/2.26.0 isa-l/2.30.0 pcre/8.45
boost/1.77.0 isa-l/2.27.0 libdeflate/1.10 pcre2/10.39
この中で--- /usr/local/software/ubuntu-20.04/modulefiles/shell ---の部分はカテゴリを表しています。bash/4.4.18のうちbashの部分はソフトウェアの名前、4.4.18の部分はバージョンを示しています。ソフトウェアを有効化する時には名前とバージョンが必要です。カテゴリは有効化する時には必要ありません。
ソフトウェアの有効化方法¶
ソフトウェアの有効化は以下のコマンドで実行します。
module load NAME/VERSION
NAMEとVERSIONはmodule availで確認してください。VERSIONを省略すると最新版がロードできますが、再現性の確保のためバージョンまで指定して有効化することをお勧めします。この有効化は新しいターミナルを開くたびに必要になります。
一部のソフトウェアは他のソフトウェアに依存しています。そのような場合でも自動的に必要なソフトウェアがロードされます。
有効化されているソフトウェアの確認方法¶
現在有効化されているソフトウェアは以下のコマンドで確認できます。
module list
いつも使うソフトウェアのセットを記録しておく¶
毎回同じソフトウェアを使う場合、どのソフトウェアを使っていたか記録しておくことができます。以下のコマンドを実行することで、現在ロードされているソフトウェアの一覧を保存することができます。
module save [NAME]
[NAME]については省略可能です。保存した環境を復元するには以下のコマンドを実行します。
module restore [NAME]
毎回実行することが煩わしい時には~/.bashrcなどに記載することで自動的に実行されるようになります。
新しいソフトウェアのインストールを依頼する¶
インストール申請で新しいソフトウェアのインストールを申請することができます。ただし、こちらからインストール依頼できるソフトウェアには制限があり、インストール完了まで短くとも1週間いただきます。お急ぎの場合にはご自身でのインストールをご検討ください。また、RやPythonのモジュールについては原則としてご自身でのインストールをお願いしております。方法は自分でソフトウェアをインストールする方法をご覧ください。