ソフトウェア#
警告
ソフトウェアは現在整備中です。上手く動かないソフトウェアがあった場合には、名前やバージョンを変えずに内容を入れ替える場合があります。
以下のソフトウェアがインストールされています。インストールされているソフトウェアを利用するためには利用方法の列に書かれているコマンドを実行してください。そうすることで、適切な環境変数が設定され、利用できるようになります。コマンドで利用できるソフトウェアを確認するにはmodule avail
を実行してください。
- 開発用ソフトウェア
- Shell
- Rモジュール
- Pythonモジュール
- ライブラリ
- perlモジュール
- エディタ
- Java開発ツール
- コンパイラ
- ツール
- バイオインフォマティクス関連
- bamtools
- bcftools
- beagle
- bedtools
- blast+
- BOLT-LMM
- bowtie
- bowtie2
- bwa
- bwa-mem2
- cutadapt
- falco
- fastqc
- fastxtoolkit
- gatk
- gsort
- hisat2
- htslib
- IGV
- IGV-patched
- kallisto
- magma
- minimap2
- mosdepth
- multiqc
- MUMmer
- picard
- plink
- plink2
- RSEM
- salmon
- samblaster
- samtools
- savvy
- seqcover
- seqkit
- slivar
- snpeff
- somalier
- STAR
- STAR-Fusion
- stringtie
- SURVIVOR
- transanno
- vcfanno
- vcftools
- vt
- その他
- デスクトップ環境のみのソフトウェア