スパコンのディレクトリ構成

ToMMoスパコンのディレクトリは以下のような構成になっています。

各プロジェクトのディレクトリ構成

ToMMoスパコンのLinuxアカウントであるプロジェクトメンバアカウントのホームディレクトリはアカウントの種類で説明した要件を満たすため、一般的なunixベースのシステムとは異なる配置がなされています。homeディレクトリの下にプロジェクトごとにディレクトリが一つ作られ、その下に個人ごとのディレクトリが作成され、これがプロジェクトメンバアカウントのホームディレクトリになります。具体的には以下のような配置になっています。

📁 /
├─ 📁 home/
│   ├─ 📁 プロジェクトID 1/
│   │    ├─ 📁 share/
│   │    ├─ 📁 phase2/
│   │    ├─ 📁 backup/
│   │    ├─ 📁 個人ID 1/
│   │    ├─ 📁 個人ID 2/
│   │    └─ 📁 プロジェクトID 1/
│   └─ 📁 プロジェクトID 2/
│        ├─ 📁 share/
│        ├─ 📁 phase2/
│        ├─ 📁 backup/
│        ├─ 📁 個人ID 1/
│        ├─ 📁 個人ID 3/
│        └─ 📁 プロジェクトID 2/
:

このうち、個人ごとのディレクトリがプロジェクトメンバアカウントのホームディレクトリになります。例えば「genome-analysis」プロジェクトに参加する「伊達政宗」さんのプロジェクトメンバアカウントであるgenome-analysis__masamune.date.e9に対応するホームディレクトリは/home/genome-analysis/masamune.date.e9になります。それぞれの所有者や所有グループ、パーミッションは以下の通り設定されています。

プロジェクトのディレクトリ構成

パス	所有者	所有グループ	パーミッション	備考
/home/プロジェクトID	root	プロジェクトID	0750	プロジェクトごとに作成されるディレクトリです。
/home/プロジェクトID/share	プロジェクトアカウント	プロジェクトID	0770	プロジェクトメンバ間で共有したいファイルを配置します。
/home/プロジェクトID/phase2	プロジェクトアカウント	プロジェクトID	0770	Phase 2システムから移行されたデータです。
/home/プロジェクトID/backup	root	プロジェクトID	0770	HDDに2重に記録することで消失リスクを減らしたいデータを配置します。
/home/プロジェクトID/個人ID	プロジェクトメンバアカウント	プロジェクトID	0750	プロジェクトに参加する個人ごとに作成されるディレクトリです。個人アカウントのホームディレクトリでもあります。
/home/プロジェクトID/プロジェクトID	プロジェクトアカウント	プロジェクトID	0750	プロジェクトアカウントで利用したいファイルを配置します。プロジェクトアカウントのホームディレクトリでもあります。

特別なディレクトリとしてshareとphase2、backupが存在します。

shareはユーザー間で共有したいデータを配置する場所としてお使いいただけます。

phase2は2022年3月まで稼働していたPhase 2システムから移行されたデータが配置されています。

注釈

Phase 2から移行されたデータは、Phase 2でのパーミッションを引き継いでいるため、Phase 3でアクセスできなかったり書き込みができない場合があります。その場合は、スパコンアカウントの変更にある「A11_変更申請書【パーミッションの変更】」をご提出ください。

backupはデータの消失リスクを軽減したいファイルを配置します。このバックアップによりハードディスクに2重に記録し、ハードディスク障害によるデータの消失リスクを軽減できます。しかし、データの上書き、削除は即座に反映されるため、ユーザーの操作ミスによるデータロストから保護するものではありません。Phase 2システムではテープにバックアップされていましたが、現行システムではテープへのバックアップサービスは提供しておりません。

各プロジェクトのトップディレクトリである/home/プロジェクトIDの所有者はrootとなっているため、/home/プロジェクトIDの下に直接ディレクトリを作成することはできません。また、ACLを設定することもできません。

クオータはファイルの所有者や所有グループにかかわらず/home/プロジェクトIDの下にあるファイルに対して設定されます。/home/プロジェクトID/backupについては別枠で制限が設定されます。

注釈

Unit Cのtmrに所属するプロジェクトについては/home/プロジェクトIDに対してg:tmr:rxのACLが設定されます。これによりtmrに所属するプロジェクト間ではshareや各個人のディレクトリに対してACLを設定することでデータの移動が可能になります。

個人アカウントのディレクトリ配置

個人アカウントは概ねpersonalというプロジェクトに所属するアカウントとして扱われます。ただし、個人アカウント間のデータの移動ができなかったり、backupやshareが存在しなかったりと一部違いがあります。個人アカウントのファイルの配置は以下の通りです。

📁 /
├─ 📁 home/
│   └─ 📁 personal/
│   │   ├─ 📁 個人ID 1/
│   │   ├─ 📁 個人ID 2/
│   │   ├─ 📁 個人ID 3/
│   │   └─ 📁 個人ID 4/
:

個人アカウントのディレクトリ構成

パス	所有者	所有グループ	パーミッション	備考
/home/personal	root	root	0755
/home/personal/個人ID	root	個人アカウント	0770	個人アカウントのホームディレクトリです。
/home/personal/個人ID/phase2	個人アカウント	個人アカウント	0700	Phase 2から移行されたデータです。
/home/personal/個人ID/phase2-windows	個人アカウント	個人アカウント	0700	Phase 2から移行された仮想デスクトップ(Windows)のデータです。

個人アカウントのホームディレクトリである/home/personal/個人IDの所有者はrootとなっているため、パーミッションを変更したりACLを設定することはできません。

各種ソフトウェア

ToMMoスパコンにインストールされているソフトウェアは以下のパスに配置されています。

/usr/local/software

インストールされているソフトウェアの一覧と使い方はソフトウェアをご覧ください。また、インストール方法によっては必ずしもこのパスに配置されている訳ではございません。

各種データベース

ToMMoスパコンにはClinVarや各種ゲノムなど多くの人が利用するデータがあらかじめダウンロードされています。これらは以下のパスに配置されています。

/share1/public

ダウンロードされているデータの一覧はデータベースをご覧ください。