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本資料はPhase 3スパコンに関する作成中の資料であり、未記載のページが含まれております。現在、随時更新中です。
ToMMoスーパーコンピュータ ドキュメント
ToMMoスーパーコンピュータ ドキュメント

目次

  • 初めてToMMoのスパコンを利用する方へ
  • 利用方法
    • 利用開始方法の概要
    • Duo Mobileを利用するために必要なもの
    • Duo Mobileアプリのセットアップ
    • パスワードの変更・プロジェクト有効化方法
    • 接続方法
    • Unit B/Cへのデータの持ち込み方法
    • Unit Aとインターネットにつながった手元の端末でデータを転送する方法
    • Unit B/Cからのデータの持ち出し方法
    • Linux 初学者向けガイド
      • 1. ターミナル操作の基本
      • 2. ファイルの操作
      • 3. ファイルの読み書きとコマンドの繋ぎ方
      • 4. テキスト処理
      • 5. ファイルのダウンロードと圧縮・展開
      • 6. アクセス権の管理
      • 7. 一歩進んだシェルの使い方
      • 8. テキストエディタ
      • 9. シェルスクリプト入門
      • 10. Singularityの使い方
    • 各種ソフトウェアの利用方法
    • 自分でソフトウェアをインストールする方法
      • Rのモジュールをインストールする方法
      • Pythonのモジュールをインストールする方法
    • ジョブスケジューラー
      • Slurmの概要
      • リソースの確認
      • 基本的な利用方法
      • アレイジョブ
      • 依存関係ジョブ
      • GPUジョブ、Singularityジョブ
      • 使用リソースの検討
  • システムについて
    • Unitの区別
    • アカウントの種類
    • Duo Security
    • スパコンのディレクトリ構成
    • ハードウェア
  • Phase 2スパコンからの変更点
    • アカウント体系の変更
    • 利用方法の変更点
    • データ移行について
  • スパコンのサービス
    • 提供サービス
    • データベース
    • ソフトウェア
      • 開発用ソフトウェア
        • cget
        • cmake
        • deno
        • dotnet
        • erlang
        • gauche
        • gawk
        • git
        • go
        • julia
        • lua
        • luajit
        • matlab-runtime
        • nim
        • ninja
        • nodejs
        • octave
        • perl
        • pypy2.7
        • pypy3.7
        • pypy3.8
        • pypy3.9
        • python2.7
        • python3.10
        • python3.6
        • python3.7
        • python3.8
        • python3.9
        • R
        • racket
        • rakudo
        • ruby
        • rust
        • tcltk
        • wasmer
        • wasmtime
      • Shell
        • bash
        • dash
        • fish
        • powershell
        • tcsh
        • zsh
      • Rモジュール
        • R34-recommended
        • R35-recommended
        • R36-recommended
        • R40-recommended
        • R41-recommended
        • R42-recommended
      • Pythonモジュール
        • py310-recommended
        • py36-recommended
        • py37-recommended
        • py38-recommended
        • py39-recommended
      • ライブラリ
        • almosthere
        • blas
        • boost
        • eigen
        • elapsed
        • isa-l
        • lapack
        • libdeflate
        • libgtextutils
        • nlopt
        • openblas
        • pcre
        • pcre2
        • shrinkwrap
        • spectra
      • perlモジュール
        • perl-recommended
      • エディタ
        • emacs
        • emacs-nox
        • mg
        • nano
        • neovim
        • vim
        • zile
      • Java開発ツール
        • corretto-java11
        • corretto-java17
        • corretto-java8
        • graalvm-java11
        • graalvm-java17
        • ibm-semeru-java11
        • ibm-semeru-java17
        • ibm-semeru-java8
        • temurin-java11
        • temurin-java17
        • temurin-java8
      • コンパイラ
        • gcc
        • gcc-runtime
        • llvm
      • ツール
        • apache-fop
        • apache-pdfbox
        • aspell
        • awscli
        • csv2xlsx
        • datamash
        • excel2csv
        • freerdp
        • ghostpdl
        • ghostscript
        • graphviz
        • gzip
        • imagemagick
        • jq
        • libarchive
        • libressl
        • lz4
        • lzip
        • lzo
        • lzop
        • modules
        • nkf
        • openssl
        • p7zip
        • pandoc
        • parallel
        • pigz
        • sqlite3
        • tableview
        • texlive
        • tmux
        • tree
        • w3m
        • xz
        • yq
        • zstd
      • バイオインフォマティクス関連
        • bamtools
        • bcftools
        • beagle
        • bedtools
        • blast+
        • BOLT-LMM
        • bowtie
        • bowtie2
        • bwa
        • bwa-mem2
        • cutadapt
        • falco
        • fastqc
        • fastxtoolkit
        • gatk
        • gsort
        • hisat2
        • htslib
        • IGV
        • IGV-patched
        • kallisto
        • magma
        • minimap2
        • mosdepth
        • multiqc
        • MUMmer
        • picard
        • plink
        • plink2
        • RSEM
        • salmon
        • samblaster
        • samtools
        • savvy
        • seqcover
        • seqkit
        • slivar
        • snpeff
        • somalier
        • STAR
        • STAR-Fusion
        • stringtie
        • SURVIVOR
        • transanno
        • vcfanno
        • vcftools
        • vt
      • その他
        • 3D-slicer
        • EIG
        • FreeSurfer
        • HDFView
        • MRIConvert
        • Minimac4
        • PRS-cs
        • PRSice
        • PyMOL
        • SAIGE
        • SIDESPLITTER
        • SPM
        • VisiData
        • Weasis
        • bgenix
        • ctffind
        • ensembl-vep
        • flashpca
        • gcta
        • ldsc
        • locuszoom
        • metal
        • openmpi
        • postgresql
        • qctool
        • regenie
        • relion
        • valgrind
      • デスクトップ環境のみのソフトウェア
  • データセキュリティ
    • スパコンを利用するにあたって守っていただきたいこと
    • 情報管理責任者などの役割
    • データ持ち出しについて
    • データ持ち込みについて
    • セキュリティ実施ポリシー
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    • データ持ち込み・持ち出しについて
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    • システムについて
    • ソフトウェアについて
    • データについて
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py310-recommended#

Python 3.10 with recommended packages

Version

インストールされているパス

利用方法

20220404

/usr/local/software/ubuntu-20.04/python/py310-recommended/20220404

module load py310-recommended/20220404

20220404には以下のモジュールが含まれています。

Package

Version

absl-py

1.0.0

agate

1.6.3

agate-dbf

0.2.2

agate-excel

0.2.5

agate-sql

0.5.8

alabaster

0.7.12

anyio

3.5.0

argcomplete

2.0.0

argon2-cffi

21.3.0

argon2-cffi-bindings

21.2.0

astroid

2.11.2

asttokens

2.0.5

astunparse

1.6.3

attrs

21.4.0

Babel

2.9.1

backcall

0.2.0

bagit

1.8.1

bcrypt

3.2.0

beautifulsoup4

4.10.0

biopython

1.79

bleach

4.1.0

CacheControl

0.12.10

cachetools

5.0.0

certifi

2021.10.8

cffi

1.15.0

chardet

4.0.0

charset-normalizer

2.0.12

click

8.1.2

coloredlogs

15.0.1

cryptography

36.0.2

csvkit

1.0.7

cwltool

3.1.20220224085855

cycler

0.11.0

Cython

0.29.28

cyvcf2

0.30.15

dbfread

2.0.7

debugpy

1.6.0

decorator

5.1.1

defusedxml

0.7.1

dill

0.3.4

distlib

0.3.4

docutils

0.17.1

entrypoints

0.4

et-xmlfile

1.1.0

executing

0.8.3

filelock

3.6.0

flake8

4.0.1

Flask

2.1.1

flatbuffers

2.0

fonttools

4.31.2

furo

2022.3.4

future

0.18.2

gast

0.5.3

google-auth

2.6.2

google-auth-oauthlib

0.4.6

google-pasta

0.2.0

greenlet

1.1.2

grpcio

1.44.0

h5py

3.6.0

humanfriendly

10.0

idna

3.3

imagesize

1.3.0

intervaltree

3.1.0

ipykernel

6.11.0

ipython

8.2.0

ipython-genutils

0.2.0

isodate

0.6.1

isort

5.10.1

itsdangerous

2.1.2

jedi

0.18.1

Jinja2

3.1.1

joblib

1.1.0

json5

0.9.6

jsonschema

4.4.0

jupyter-client

7.2.1

jupyter-core

4.9.2

jupyter-server

1.16.0

jupyterlab

3.3.2

jupyterlab-pygments

0.1.2

jupyterlab-server

2.12.0

keras

2.8.0

Keras-Preprocessing

1.1.2

kiwisolver

1.4.2

lazy-object-proxy

1.7.1

leather

0.3.4

libclang

13.0.0

lml

0.1.0

lockfile

0.12.2

lxml

4.8.0

Markdown

3.3.6

MarkupSafe

2.1.1

matplotlib

3.5.1

matplotlib-inline

0.1.3

mccabe

0.6.1

mistune

0.8.4

msgpack

1.0.3

mypy

0.942

mypy-extensions

0.4.3

nbclassic

0.3.7

nbclient

0.5.13

nbconvert

6.4.5

nbformat

5.2.0

nest-asyncio

1.5.5

networkx

2.7.1

nose

1.3.7

notebook

6.4.10

notebook-shim

0.1.0

numpy

1.22.3

oauthlib

3.2.0

olefile

0.46

opencv-python

4.5.5.64

openpyxl

3.0.9

opt-einsum

3.3.0

packaging

21.3

pandas

1.4.2

pandocfilters

1.5.0

paramiko

2.10.3

parsedatetime

2.4

parso

0.8.3

pexpect

4.8.0

pickleshare

0.7.5

Pillow

9.1.0

platformdirs

2.5.1

prometheus-client

0.13.1

prompt-toolkit

3.0.28

protobuf

3.20.0

prov

1.5.1

psutil

5.9.0

psycopg2-binary

2.9.3

ptyprocess

0.7.0

pure-eval

0.2.2

pyasn1

0.4.8

pyasn1-modules

0.2.8

pycodestyle

2.8.0

pycparser

2.21

pydot

1.4.2

pyexcel

0.7.0

pyexcel-io

0.6.6

pyfaidx

0.6.4

pyflakes

2.4.0

Pygments

2.11.2

pyliftover

0.4

pylint

2.13.4

PyNaCl

1.5.0

pyparsing

3.0.7

pyrsistent

0.18.1

pysam

0.19.0

python-dateutil

2.8.2

python-slugify

6.1.1

pytimeparse

1.1.8

pytz

2022.1

PyYAML

6.0

pyzmq

22.3.0

rdflib

6.1.1

requests

2.27.1

requests-oauthlib

1.3.1

rsa

4.8

ruamel.yaml

0.17.21

ruamel.yaml.clib

0.2.6

schema-salad

8.2.20220204150214

scikit-learn

1.0.2

scipy

1.8.0

seaborn

0.11.2

Send2Trash

1.8.0

shellescape

3.8.1

simplevcf

0.2.0

six

1.16.0

sniffio

1.2.0

snowballstemmer

2.2.0

sortedcontainers

2.4.0

soupsieve

2.3.1

Sphinx

4.5.0

sphinxcontrib-applehelp

1.0.2

sphinxcontrib-devhelp

1.0.2

sphinxcontrib-htmlhelp

2.0.0

sphinxcontrib-jsmath

1.0.1

sphinxcontrib-qthelp

1.0.3

sphinxcontrib-serializinghtml

1.1.5

SQLAlchemy

1.4.34

stack-data

0.2.0

tensorboard

2.8.0

tensorboard-data-server

0.6.1

tensorboard-plugin-wit

1.8.1

tensorflow

2.8.0

tensorflow-io-gcs-filesystem

0.24.0

termcolor

1.1.0

terminado

0.13.3

testpath

0.6.0

text-unidecode

1.3

texttable

1.6.4

tf-estimator-nightly

2.8.0.dev2021122109

threadpoolctl

3.1.0

toml

0.10.2

tomli

2.0.1

tornado

6.1

traitlets

5.1.1

typing_extensions

4.1.1

urllib3

1.26.9

vcfpy

0.13.3

virtualenv

20.14.0

wcwidth

0.2.5

webencodings

0.5.1

websocket-client

1.3.2

Werkzeug

2.1.1

wrapt

1.14.0

xlrd

2.0.1

yapf

0.32.0

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