GPUジョブ、Singularityジョブ

DGX-1 (gpu_intr) の利用方法

DGX-1では、gpu_intrを使用してインタラクティブジョブを実行出来ます。gpu_intrを使用するには、FastXを使ってGUI環境にログインする方法でUnit Aにログインます。その後、ターミナルエミュレーターを開き、slurmloginコマンドでキューにログインします。

$ slurmlogin --x11 --gpus=1

--x11

DGX1上のGUIソフトウェアを使用する場合に必要です

--gpus

使用するGPUボード数を指定します（最大8）。GPUボード1基あたり、CPUコアを10個使用できます。

DGX-1 (gpu) の利用方法

DGX-1では、gpuを使用してバッチジョブの実行もできます。スクリプトの例（testcom.sh）は以下の通りです。

#!/bin/sh

nvidia-smi
echo $CUDA_VISIBLE_DEVICES  # 割り当てられたGPU IDを確認

以下のようにしてジョブを投入します。

$ sbatch -p gpu --gpus=1 testcom.sh

Singularityを使用するジョブの実行

ジョブからSingularityを実行することが出来ます。詳しくは、Singularityの使い方もご参照ください。

スクリプトの例は以下の通りです。Slurmに対しては特別な指定は必要なく、スクリプトの中でsingularityコマンドを実行し、コンテナを起動します。

#!/bin/sh

singularity exec /home/group/user/singularity/fastqc-0.11.9_cv8.sif \
    fastqc --version