Rのモジュールをインストールする方法#

注釈

Unit B/Cにインストールする場合でもUnit Aにアカウントが必要です。Unit B/Cのアカウントを有料プランで利用している場合でも、データ持ち込みだけの目的でUnit Aを利用する場合には無料で利用できます。

動画で手順を確認する#

手順を動画で解説しています。

インストール方法#

  1. Unit Aに作業したいプロジェクトメンバアカウントもしくは個人アカウントで接続します。詳細はUnit A への接続方法をご覧ください。

  2. 以下のコマンドを実行します。

export https_proxy=http://epx3x01:8080
export http_proxy=http://epx3x01:8080
  1. Rを使えるようにします。
    • 何もモジュールが入っていない状態から始めたい場合にはmodule load R/4.1.2を実行してください。インストールされているRのバージョンはmodule avail R/で確認できます。

    • システムにインストールされている、よく使われているモジュールと合わせて使いたい場合にはmodule load R41-recommended/20220404を実行してください。41はR4.1に対応し、20220404はインストールされた日付になります。module avail 'R*-recommended'を実行することでインストールされている各バージョンを知ることができます。

  2. Rを使えるようにした状態で、Rを実行して立ち上げます。任意のモジュールをインストールする際は、以下のコマンドを実行します。

 install.packages("任意のモジュール名", dependencies = TRUE)

インストールしたモジュールは ``~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library`` に配置されます。
  1. Unit B/Cで作業を行う場合にはUnit Aを経由して持ち込む方法に従って、~/R/x86_64-pc-linux-gnu-libraryを持ち込み、インストールしたモジュールを同じパスに配置します。

インストールしたものの利用方法#

インストールしたモジュールを利用する場合には、インストール方法の 3 の手順と同じ方法でRを使えるようにしたのちにRを実行して立ち上げると利用できるようになります。module load R41-recommended/20220404を実行してインストールしたにも関わらず、module load R/4.1.2しか実行していない状態で利用しようとすると正常に動きませんので、必ずインストール時と同じ方法でRを使えるように設定してください。