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データベース


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iJGVD

iJGVD は、日本人のゲノム多型の頻度情報を提供するデータベースです。現在のリリースでは、宮城県の1070人の全ゲノム解読より得られたSNVについて、常染色体上にある既知のもので、頻度が5%を超えるもの約4,300,000件を公開しています。

 

jMorp

日本人集団(500人以上)における血液中の代謝物やタンパク質の種類とその分布を高精度に決定したオミックス情報を日本人多層オミックス参照パネルとして公開しています。


 

ソフトウェア


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HLA-VBseq
NGSデータからHLA型を高精度にタイピングするソフトウェアです。IMGT/HLAデータベースに登録されている全てのHLAアリル参照配列に対して、リードのアライメントを最適化します。


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TIGAR
TIGAR は RNA-Seq データから各転写産物アイソフォームの遺伝子発現レベルを正確に推定するソフトウェアです。特徴としてはリードのアライメントに Bowtie2 もしくは BWA-MEM を使用するため、シークエンスエラーに強く、かつロバストな推定を行えることが特徴です。