Category Archives: 講習会

データセキュリティに関する確認テスト

情報管理責任者、情報持込・持出責任者、情報管理責任者は、役割や責務の理解を深めていただくため、就任前にそれぞれの役割の確認テストの受講をお願いします。
※それぞれの役割の任期は、任命された年の年度末です。
※任命の都度、確認テストの受講をお願いします。
※複数の役割に任命された場合は、任命された役割についてそれぞれ実施してください。

2019年度スーパーコンピュータ利用講習会について

講習の追加と資料の取得手順について、追記しました。(2019/7/3)


■開催日
2019年7月5日(金)

■会場
6号館(東北メディカル・メガバンク棟)1F 講堂
地図
※事前申し込みは不要です。直接会場へお越しください。

■詳細

No. 日付 時間 講習名 受講対象者 概要
1 2019/7/5(金) 11:00〜12:00 セキュリティ概要とToMMoスパコン利用に関して 全員 安全にご利用いただくためのセキュリティの説明です。情報管理責任者、情報持込・持出責任者、情報管理担当者の方は、必ず受講ください。
2 2019/7/5(金) 13:00〜14:00 Phase2サービスについて 希望者 ・DGX-1の利用方法について
・Pitagola-Galaxy利用について
・Docker利用について
・Singularity利用について
・日次バックアップについて
・ニアラインストレージについて など
3 2019/7/5(金) 14:30〜15:30 UGEの使い方 希望者 ・追加機能変更点の紹介
・投入可能なジョブ、実行結果の確認方法
・スロットとメモリの指定方法
・アレイジョブ、依存関係ジョブについて
・MPIジョブの実行について
・Dockerジョブの実行について
・Singularityを使用するジョブ実行について
・gpu_intr.qについて
DGX-1の利用方法について など
4 2019/7/5(金) 16:00〜16:30 jMorpについて 希望者 Japanese Multi Omics Reference Panel (jMorp) の利用方法の概要を、実際のWebサイトを用いたデモを通じて紹介する。
※資料はありません。

※時間、内容は変更になる可能性があります。
※終了後等、会場でのご質問も受付いたします。

■資料
当日配布はいたしません。
下記の手順にて資料の取得をお願いいたします。
※講習会終了後も資料の取得は可能です。
※資料の取得には東北大IDが必要です。東北大IDをお持ちでない場合は、下記へお問い合わせください。
※「UGEの使い方」については、基本編、応用編の取得をお願いいたします。

<資料取得手順>
1) 東北大学ポータルサイト( https://istu3g.dc.tohoku.ac.jp/istu3g/auth/login )にログイン

2)「トップ」画面の「受講科目」のその他より、下記をクリック
「2019年度ToMMoスーパーコンピュータ利用者講習会」

3)共通教材の「2019年度ToMMoスーパーコンピュータ利用講習会(22019年7月5日開催)」をクリック
 
4)取得する資料の右側の「ダウンロード」をクリック

■その他
当日は動画撮影いたします。当日参加が難しい場合は、動画による受講も可能です。

■お問い合わせ
ゲノムプラットフォーム連携センター
lecture@sc.megabank.tohoku.ac.jp

2018年度スーパーコンピュータ利用講習会<Q&A>

新サービスについて

Q1

Ptagora-Galaxyで、ユーザ登録の際に入力するメールアドレスは、どのメールアドレスを入力したらよいか?

A1

Email address は任意で指定できますが、シンクライアントでご利用の Email address を入力してください。


Q2

Ptagora-Galaxyのログイン時のUsernameは、スパコンのアカウントと同様のものにしたらよいか?

A2

スパコンアカウントと同じ名前を指定して下さい。


Q3

Singularityのイメージ等をUnitB,Cで利用する際、UnitAから転送や持込申請なしでできないか?

A3

できません。転送・持込申請の上、持ち込みをお願い致します。


Q4

Singularityのイメージの入手はUnitAや自分のPCから行い、UnitB,Cで利用の際はUnitAから持込か転送するのか?

A4

はい、そのとおりです。


Q5

GPGPUでプログラムを利用したい時は、CUDAを使うのか?

A5

使うイメージはご自由に選択可能です。用途に合わせてイメージを選定してください。


UGEの使い方(基本編)

Q1

ポータルサイトで確認できるUGEリソース空き状況について、GPUの空きもわかるのか?

A1

現時点では、GPUの空きはわかりません。今後の機能追加を検討いたします。


Q2

複数人でプロジェクトアカウントにアクセスして、データ解析する際、どのようなディレクトリ構造でデータログを管理するのが良いか?

A2

一例としては、共有したい情報をpublicディレクトリ、それ以外の情報はprivateディレクトリを作成し、その下に利用したいユーザ毎のサブディレクトリを作成する方法が挙げられます。UGEでジョブを実行する際は、出力ファイル先として上記サブディレクトリ以下を指定し、ジョブの名前にはユーザ情報を含めることで、ユーザの出力ファイルはどこにあるのか、誰のジョブが実行されているのか、などの管理が容易になると考えられます。


UGEの使い方(応用編)

Q1

キューの指定なしで、スロット数を30にした場合、どうなるのか?

A1

デフォルトキューを構成する計算ノードで30スロットを有する者はないのでqw状態のままのジョブとなります。


Q2

キューとメモリの指定方法は、どのようにするのか?

A2

カンマ区切りで指定します。例えば、sjobs.qキューで16GBメモリを使用する場合は
  -l sjob,mem_req=16Gms_vmem=16G のように指定します。


Q3

8GB、10スロットで指定するのと4GB、20スロットで指定した場合は、どのような違いがあるのか?

A3

どちらもそのジョブが80GBのメモリを使用するということは同じですが、
  8GB、10スロットの場合は、そのジョブが実行するノードでは残り14スロット、16GBメモリとなります。
  4GB、20スロットの場合は、そのジョブが実行するノードでは残り 4スロット、16GBメモリとなって残りのリソースが異なります。


Q4

指定したメモリと実際のメモリが異なる場合は、どうなるのか?

A4

指定したメモリ<実際のメモリの場合は、UGEによってジョブは強制終了となります。指定したメモリ>実際のメモリの場合は、ジョブは強制終了されることはありませんが、極端に指定したメモリが大きい場合はシステムの利用効率が悪くなります。


Q5

アレイジョブで並列で実行するタスクのきざみの上限値はあるのか?

A5

タスクの刻み幅に上限はありません。※ -t 1-75000:74999のアレイジョブを実行した実績があります。


2018年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内

2018年度のスーパーコンピュータ利用講習会は、終了いたしました。ご参加いただき、ありがとうございました。
資料および当日の動画の配信については、別途お知らせいたします。


2018年度スーパーコンピュータ利用講習会のお知らせ

今年度も、利用者の皆様にToMMoスーパーコンピュータシステムへの理解を深めていただくことを目的に、講習会を開催いたします。

■開催期間
2018年6月25日(月) 〜 2018年6月26日(火)

■会場
6号館(東北メディカル・メガバンク棟)1F 講堂
地図
※事前申し込みは不要です。直接会場へお越しください。

■詳細

No. 日付 時間 講習会名 受講対象者 概要
1 2018/6/25(月) 14:00〜14:30 セキュリティ概要とToMMoスパコン利用に関して 全員 安全にご利用いただくためのセキュリティの説明です。情報管理責任者、情報持込・持出責任者、情報管理担当者の方は、必ず受講ください。
2 2018/6/25(月) 15:00〜16:00 Phase2概要 希望者 ・Phase1との違い
・今後の予定(Phase1の利用期限、移行用データ、マウントポイントの期限)
3 2018/6/26(火) 10:00〜11:00 Phase2新サービス 希望者 ・DGX-1の利用方法について
・Pitagola-Galaxy利用について
・Docker利用について
・Singularity利用について
・PubReg(公開鍵登録システム)について
一部デモを行います。UnitAのアカウントがある方は、PCを持込いただき、操作をお試しいただくことが可能です。
4 2018/6/26(火) 13:30〜14:30 UGEの使い方(基本編) 希望者 ・UGEの概要
・基本的な利用方法
・ジョブ投入時の注意事項
・DGX-1の利用方法
・UGEリソース空き状況の確認方法
5 2018/6/26(火) 14:50〜15:50 UGEの使い方(応用編) 希望者 ・投入可能なジョブ、実行結果の確認方法
・スロットとメモリの指定方法
・アレイジョブ、依存関係ジョブについて
・MPIジョブの実行について
・Dockerジョブの実行について
・Singularityを使用するジョブ実行について

※時間、内容は変更になる可能性があります。
※終了後等、会場でのご質問も受付いたします。

■資料
当日配布はいたしません。

■その他
当日は動画撮影いたします。当日参加の難しい場合は、動画による受講も可能です。

■お問い合わせ
ゲノムプラットフォーム連携センター
lecture@sc.megabank.tohoku.ac.jp

2017年度スーパーコンピュータ利用講習会<Q&A>

Linux基礎

Q1

qloginでスクリプト作成し、chmod +x とする必要があるのか?

A1

通常、ファイルを作成すると実行権限はついていません。シェルスクリプトなどを作成した際は、必要に応じて実行権限を付ける必要があります。


Q2

実行してしまったスクリプトなどを、どのように止めたらよいか?

A2

途中で止める場合は、Contrl+Cで止める事が可能です。qlogin、qsub等を使っている場合は、qdel等で処理を止めることも可能です。


Q3

qloginはどのようにして抜けるのか?

A3

exitコマンドで抜けます。


UGEの使い方

Q1

qavailコマンドの a と d|u はどういう意味か?

A1

aは高負荷となってqstat -fの結果でaとなっているホストのスロット数です。

d|uは停止中となっているホストのスロット数です。


Q2

ダウンロードしてきたツールを動作させようとしている。設定ファイルに-pe smp スロット数 -q キュー名 のような定義があるが、このような設定で動くか?

A2

-peで指定できるものにsmpはないので環境依存のツールである可能性が高いです。少なくともそのままでは動作しないので-pe smpが何であるかを確認して、設定ファイルの変更が必要になると考えられます。

【2017スパコン講習会】Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)受講のご案内

Linux基礎の日程と内容

No. 日付 時間 講習会名 受講対象者 概要
1 2017/12/4(月) 13:00〜14:30 Linux基礎(基本編) 希望者
事前申込必須
Unit1pに接続し、Linuxの基本的なコマンドについて実習
5 2017/12/5(火) 14:00〜15:30 Linux基礎(応用編) 希望者
・Linux基礎(基本編)受講者
・基本的なコマンド利用可能な方
事前申込必須
Unit1pに接続し、研究業務にて役立つコマンドについて実習

※Unit1pのアカウントをお持ちでない方は、実際にコマンドを実行する実習ができなくとも、聴講は可能です。


参加資格

円滑な進行を行うため、参加資格を設けております。
下記を全て満たす方のみ、ご参加可能です。

  1. 事前に申込されている方
  2. Unit1pのアカウントをお持ちの方
  3. Unit1pにログインしたことがある方
  4. Unit1pにログイン可能なノートパソコンをお持ちの方
  5. ノートパソコンから無線でインターネット接続(無線LAN接続)が可能な方

■Unit1pのアカウントをお持ちでない方

申請書のご提出をお願いいたします。

  • どの区画にもアカウントがない場合
    スーパーコンピュータ利用申請書兼誓約書
  •  

  • 他の区画にアカウントがある場合
    利用変更申請書

<申請書取得場所>

 こちらからダウンロードしてご記載ください。

■持ち物

Unit1pに接続可能なノートパソコン

■インターネット接続について

Unit1pへの接続は、インターネット接続となります。
無線でインターネット接続可能となるよう準備をお願いします。

<大学内無線LAN>

seiryo-user

※東北IDとパスワードが必要となります。

<その他>

大学内無線LANが利用できない方はご相談ください。


申込について

■申込方法

こちらをクリックして、申込ください。

■申込締切
2017/11/20(月)


Unit1pのサポートについて

ログインができない方、操作に不慣れな方など、下記日程にてサポートいたします。
ご相談の際は、ご利用いただくノートパソコンをお持ちください。

■日時

 2017/11/27(月) 10:00〜11:00
 2017/11/27(月) 15:00〜16:00

■場所

 メガバンク棟1F カンファレンス室1

2017年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内

※2017年度スーパーコンピュータ利用講習会は終了しました。

2017年度スーパーコンピュータ利用講習会について

2017年度のスーパーコンピュータ利用講習会について、多くの方にご参加いただき、ありがとうございました。

下記についてご報告いたします。

資料の更新について

講習会終了後も資料の取得は可能です。
一部、資料の内容の更新と追加資料があります。

資料の下記の取方法で取得をお願いいたします。

<資料取得方法>:ISTU
ISTUへは、東北大学IDとパスワードが必要です。
東北大学IDを取得されていない方は、資料取得方法2によりダウンロードしてください。

  1. 東北大学ポータルサイト(https://istu3g.dc.tohoku.ac.jp/istu3g/auth/login )にログイン
  2. 「トップ」画面の「受講科目」のその他より、下記をクリック
  3. 「2017@00423東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 スーパーコンピュータ利用者講習会 (2017)」

  4. 授業名よりダウンロードする講義をクリック
  5. 参照したい教材をクリック
  6. タイトル左横にチェックして、「ダウンロード」をクリック

動画の公開について

講習会の動画をISTUにて公開中です。動画の閲覧方法は、<資料取得方法>と同じです。


講習会での質問について

講習会での質問事項について、共有いたします。
質問事項のまとめはこちらをクリックしてください。
講習会後も、内容についてご不明な点がございましたら、support@sc.megabank.tohoku.ac.jpへお問い合わせください。


アンケート結果について

講習会にご参加の方については、アンケートのご協力をいただき、ありがとうございました。
アンケート結果はこちらをクリックしてください。


■お問い合わせ
ゲノムプラットフォーム連携センター
support@sc.megabank.tohoku.ac.jp


2017年度のスーパーコンピュータ利用講習会は終了しました。

2017年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内

今年度も、利用者の皆様にToMMoスーパーコンピュータシステムへの理解を深めていただくことを目的に、講習会を開催いたします。
今回は、新たにLixuxの基礎をハンズオンにて学べるよう企画しております。(事前準備が必要なため、必ず申込をお願いいたします。)
是非ご参加ください。

■開催期間
2017/12/4(月)〜2017/12/6(水)

■会場
メガバンク棟1F カンファレンス室1

■詳細

No. 日付 時間 講習会名 受講対象者 概要
1 2017/12/4(月) 13:00〜14:30 Linux基礎(基本編) 希望者
事前申込必須
Unit1pに接続し、Linuxの基本的なコマンドについて実習
2 2017/12/4(月) 15:30〜17:00 新サービスの紹介 全員 1.Docker
2.GPU
3.ストライプカウント
4.階層化ストレージ
5.VMware
6.UBUNTU
7.Unit1区画の説明(Unit1a/1b)
8.Unit3,4区画の説明(Unit3,4の統合、Unit3S2について)
9.ポータルサイト紹介
10.共用端末室の紹介等、新サービスの紹介
3 2017/12/5(火) 10:00〜10:30 セキュリテリ概要 全員 安全にお使いいただくためなるべく全員受講してください。
4 2017/12/5(火) 10:45〜12:00 スーパーコンピュータ利用概要 全員 スーパーコンピュータの構成、ご利用方法の概要説明
5 2017/12/5(火) 14:00〜15:30 Linux基礎(応用編) 希望者
・Linux基礎(基本編)受講者
・基本的なコマンド利用可能な方
事前申込必須
Unit1pに接続し、研究業務にて役立つコマンドについて実習
6 2017/12/6(水) 14:00〜15:00 UGEの使い方(基本編) 希望者 デモを交えたUGEの基本的な使い方について
7 2017/12/6(水) 15:15〜16:00 UGEの使い方(応用編) 希望者 デモを交えたUGEの高度な使い方について

※内容は変更になる可能性があります。

■申込方法

こちらをクリックして、申込ください。

■申込締切
2017/11/20(月)

※Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)以外は、開催日まで申込可能です。

Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)の実習については、一旦申込を締め切りました。
全講義について、当日まで申込受付ております。
Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)の聴講は申込受付中です。

■注意事項
Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)は、Unit1pのアカウントがあり、公開鍵が登録されている方が前提です。
必ずこちらを確認し、事前に申込をしてください。

Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)については、実際にコマンドを実行する実習ができなくとも、聴講は可能です。

■資料について

当日の資料については印刷配布をいたしません。
こちらよりダウンロードして取得をお願いいたします。

また、講習会終了後は、動画も公開する予定です。

■お問い合わせ
ゲノムプラットフォーム連携センター
lecture@sc.megabank.tohoku.ac.jp