Category Archives: メルマガ

ToMMoスパコンニュースNo.9(2018.8.15発行)

重要:Phase1の8月停止システムついて

 8月に停止するPhase1の機器は以下のとおりです。
Phase2にお早めに移行をお願いいたします。

8月停止

Phase1停止スケジュール


重要:Phase1のUnit2,Unit3,Unit4からPhase2へのデータ移行について

Phase1のUnit2,Unit3,Unit4のスパコン上のデータをPhase2に移行する方法は2つあります。
下記の方法にて、停止までに余裕をもってデータをPhase2に移行してください。

  1. Phase1のマウントポイントからのデータのコピー
  2.  下記にて、Phase1のLustreファイルシステムをReadOnlyで参照可能としています。
    下記より、任意の場所にデータをコピーしてください。

         /uX/shareY/home/username
    

    X:利用Unitの番号
    Y:利用していたファイルシステムの番号
    username:スパコンアカウント名   

  3. 3/28時点の管理者取得データの移動
  4.  3/28時点のPhase1のデータのリンクを各利用者のホームディレクトリに作成しています。
    ホームディレクトリに下記のリンクがある場合は、mvコマンドにて、データを任意の場所に移動してください。

         /home/username/uX_moving_shareY
    

    X:利用Unitの番号
    Y:利用していたファイルシステムの番号
    username:スパコンアカウント名   


ソフトウェアのインストールについて(7月)

 ご利用者の方からの申請があり、7月にインストールしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


シンクライアントの不正メッセージ出力について

 シンクライアントにログインした際、「アカウントにサインインできません」というメッセージが出力した場合は、シンクライアントが正常に起動できていない状態です。
メッセージが出力した際は、出力している利用区画(UnitB or UnitC)とアカウントをお知らせください。

表示例


スーパーコンピュータ利用講習会での質問と回答

 6月に行なったスーパーコンピュータ利用講習会でのご質問と回答をまとめました。講習会の資料、動画とあわせてご確認ください。

ToMMoスパコンニュースNo.8(2018.7.13発行)

2018年度スーパーコンピュータ利用講習会の動画・資料について

 2018年度のスーパーコンピュータ利用講習会について、多くの方にご参加いただき、ありがとうございました。
講習会の動画と資料を東北大学インターネットスクール(ISTU)に公開いたしました。
資料については、一部内容を更新しております。既に取得されている方は再取得をお願いいたします。

■資料取得方法

  1. 東北大学インターネットスクール( https://istu3g.dc.tohoku.ac.jp/istu3g/auth/login )にログイン
  2. 「トップ」画面の「受講科目」のその他より、下記をクリック
  3. 「2018年度スーパーコンピュータ利用者講習会 (東北大学 東北メディカル・メガバンク機構)(2018年6月25,26日開催)」

  4. 動画閲覧の場合は教材をクリック
  5.  資料取得の場合は右側の「ダウンロード」をクリック

■注意事項

資料取得には、東北大学IDとパスワードが必要です。
東北大IDのない方はご連絡ください。


重要:Phase1の停止日程ついて

 Phase1の機器を下記日程で停止します。
Phase2にお早めに移行をお願いいたします。


重要:Phase1のUnit2,Unit3,Unit4からPhase2へのデータ移行について

Phase1のUnit2,Unit3,Unit4のスパコン上のデータをPhase2に移行する方法は2つあります。
下記の方法にて、停止までに余裕をもってデータをPhase2に移行してください。

  1. Phase1のマウントポイントからのデータのコピー
  2.  下記にて、Phase1のLustreファイルシステムをReadOnlyで参照可能としています。
    下記より、任意の場所にデータをコピーしてください。

         /uX/shareY/home/username
    

    X:利用Unitの番号
    Y:利用していたファイルシステムの番号
    username:スパコンアカウント名   

  3. 3/28時点の管理者取得データの移動
  4.  3/28時点のPhase1のデータのリンクを各利用者のホームディレクトリに作成しています。
    ホームディレクトリに下記のリンクがある場合は、mvコマンドにて、データを任意の場所に移動してください。

         /home/username/uX_moving_shareY
    

    X:利用Unitの番号
    Y:利用していたファイルシステムの番号
    username:スパコンアカウント名   


ディスククオータ値とスロット数について

 一部を除き、アカウント(ユーザ)ごとに利用可能なディスク容量制限(クオータ値)を設定しております。
また、UGEで同時に投入できるジョブのスロット数についても、アカウント(ユーザ)ごとに下記の制限を設定しました。
今後は、プロジェクトアカウントでログインしてご利用ください。

ToMMoスパコンニュースNo.7(2018.6.19発行)

2018年度スーパーコンピュータ利用講習会のお知らせ

 今年度は、安全にご利用いただくためのセキュリティに関する内容や、スーパーコンピュータの更新に伴う今後の予定、新サービスの紹介等を行う予定です。
詳細は下記にてご確認ください。

■開催期間
2018年6月25日(月)〜 2018年6月26日(火)

■会場
6号館(東北メディカル・メガバンク棟)1F 講堂
地図

■詳細
こちら


スーパーコンピュータ利用更新手続きについて

 一部の利用者を除き、今年度も利用される場合は、5月31日を提出締め切りとして、更新申請手続きの対応を依頼しておりました。
お手続きのない方のスーパーコンピュータシステムの利用期限は、2018年3月31日となります。
まだ手続きがお済みでない場合は、速やかにお手続きをお願いいたします。


ディスククオータ値とスロット数について

 一部を除き、アカウント(ユーザ)ごとに利用可能なディスク容量制限(クオータ値)を設定しています。UnitCのアカウントで、下記クオータ値を超過する場合のデータ整理の期限は6月27日です。
ご協力をお願いいたします。

 また、UGEで同時に投入できるジョブのスロット数についても、アカウント(ユーザ)ごとに下記の制限を7月に設定する予定です。
プロジェクトアカウントでログインしてご利用ください。


プロジェクトアカウントでのqloginについて

 プロジェクトアカウントでqloginできない場合は、下記コマンドを実行してください。
プロジェクトアカウントでqloginする場合、初回のみ実行が必要です。

$ makeqloginkey

※実行して最長30分後、プロジェクトアカウントでのqloginが可能となります。

ToMMoスパコンニュースNo.6(2018.5.22発行)

Phase2スーパーコンピュータの利用手順について

 今年度より導入のPhase2のスーパーコンピュータへの接続先および接続手順については、下記メールをご確認ください。
または、各利用区画のブラウザを起動した際に表示するポータルサイトに「利用マニュアル」を掲載しましたので、こちらをご確認ください。
※ポータルサイトは作成中のため、一部Phase1の情報が掲載されている場合があります。



・・・・ポータルサイト・・・・
◆利用マニュアル
  トップページの「お知らせ」にリンク掲載

◆利用マニュアル補足事項
 左側メニューの「Phase2よくある質問」

・・・・UnitAのポータルサイト・・・・
UnitAのポータルサイトはNXクライアントにてUnitAに接続して閲覧可能です。
URL : http://portal:8080/
UnitAのポータルサイトの閲覧手順はこちらをご確認ください。


UGEアップグレード作業に伴う全ジョブ投入不可のお知らせ

 下記のメンテナンス中は、UGEへのジョブ投入ができません。
メンテナンス開始時点でUGE経由で実行中の計算ジョブは、リスケジューリング処理を行い、
システムメンテナンス完了後、リランしジョブを再開します。

<メンテナンス日>
  UnitA : 2018年5月30日(水) 13:00-17:00
  UnitB : 2018年5月29日(火) 13:00-17:00
  UnitC : 2018年5月23日(水) 13:00-17:00

※詳細は、メンテナンススケジュールまたは、5/9送信のメールにてご確認ください。


シンクライアントの指紋再登録について(対象:2/9以降登録ユーザ)

 2/9以降にシンクライアントにログインするための指紋登録を行った方については、Phase2のシンクライアントでも指紋登録が必要となります。
対象者の方には登録の際に、1日限りの初期パスワードを発行いたします。
対象者の方は、登録可能な日程についてお知らせください。

◆対象者
  2018/2/9以降に指紋登録した方

Phase2の指紋認証付USBメモリでのデータ持込・持出について

  Phase2より、UnitB、UnitCへの指紋認証付USBメモリでのデータ持込は、データ持出と同様にInterSafeWorkFlowにて申請となります。
下記日程より、InterSafeWorkFlowによるデータ持込・持出の運用を開始いたします。
申請および承認の手順については、UnitB,UnitCのポータルサイトにてごご確認ください。

<運用開始日程>
UnitB : 2018/5/25(金) 
UnitC : 2018/5/23(水)

<申請手順>
・データ持込
 ポータルサイト左側メニューの「利用方法」ー>データ持込申請手順
・データ持出
 ポータルサイト左側メニューの「利用方法」ー>データ持出申請手順

<承認手順>
・データ持込
 ポータルサイト左側メニューの「情報解析管理担当者用」ー>データ持ち込みについて   
・データ持出
 ポータルサイト左側メニューの「情報解析管理担当者用」ー>データの持ち出しについて

<注意事項>
  1. データ持込の運用の変更により、情報管理責任者、情報管理担当者は、指紋認証付きUSBメモリの中身をシンクライアント上で確認できなくなります。 指紋認証付きUSBメモリの中身を見ようとすると、下記のメッセージが表示となります。
  2. InterSafeWorkFlowの起動方法が変わりました。詳細は上記手順をご確認ください。

指紋認証付USBメモリの再登録のお願い

 現在、Phase2のシンクライアントにて一部の指紋認証付きUSBメモリが利用できない状態です。
こちらで把握している対象のUSBメモリをお持ちの方には、順次ご連絡いたします。
連絡がなく、UnitB,UnitCにて、データ持込、データ持出ができない場合は、お問い合わせください。


QNAPのご利用について

UnitBおよびUnitCから、それぞれのQNAPをご利用可能となりました。
現在、Unit1aおよびUnit3からは、QNAPへ接続できない状態です。
当初、Unit1aおよびUnit3からもご利用可能な状態とする予定でしたが、システムの都合上、今後もご利用できないことが判明しました。
Phase1のシンクライアント上のデータはLuster上を介してPhase2へ移動して対応するよう、お願いいたします。

ご不便をおかけし恐縮ですが、ご理解、ご協力をお願いいたします。


各種申請書のフォーマット変更について

 各種申請書のフォーマットが変更となりました。
申請書をご提出する場合は、下記より最新の申請書の取得をお願いいたします。
利用申請ー>各種申請と書類


2018年度スーパーコンピュータ利用講習会のお知らせ

6月に講習会を行う予定です。詳細決定次第、別途お知らせいたします。

■開催期間

2018年6月25日(月) 〜 2018年6月26日(火)

■会場
6号館1F 講堂

■詳細

No. 日付 時間 講習会名 受講対象者 概要
1 2018/6/25(月) 14:00〜15:00 セキュリティ概要とToMMoスパコン利用に関して 全員
2 2018/6/25(月) 15:30〜16:50 Phase2概要 希望者 ・Phase1との違い
・今後の予定(Phase1の利用期限、移行用データ、マウントポイントの期限)
3 2018/6/26(火) 10:00〜11:30 Phase2新サービス 希望者 ・DGX-1の利用方法について
・Pitagola-Galaxy利用について
・Docker利用について
・Singularity利用について
・PubReg(公開鍵登録システム)について
4 2018/6/26(火) 13:30〜14:50 UGEの使い方(基本編) 希望者
5 2018/6/26(火) 15:30〜15:50 UGEの使い方(応用編) 希望者

※時間、内容は変更になる可能性があります。


お礼:シンクライアントのイメージ更新作業について

 シンクライアントを設置している部屋の管理者様に、各シンクライアント端末のイメージ更新作業をお願いしております。
ご協力いただき、ありがとうございます。

ToMMoスパコンニュースNo.5(2018.3.5発行)

グループアカウントの呼称変更について

 ToMMoスーパーコンピュータを利用する場合は、プロジェクトごとにグループとグループアカウントを作成していただいております。
このグループアカウントについて、呼称変更することとなりました。合わせて、グループアカウントが所属するプライマリグループの呼称についても下記の呼称となります。

変更前 変更後
グループアカウント プロジェクトアカウント
グループアカウントのプライマリグループ プロジェクトグループ

スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

 スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2018年3月31日となります。
一部の利用者を除き、次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。
更新手続きの詳細は、こちらをご確認ください。
年度更新手続きの書類については、各室の情報管理担当者様(とりまとめ頂く方)に3月中旬より送付予定です。
 次年度のご利用予定がない方については、アカウント利用休止・停止申請書のご提出をお願いいたします。


各種申請書のフォーマット変更について

 4月より各種申請書のフォーマットが変更となります。
4月以降に申請書をご提出する場合は、最新の申請書の取得をお願いいたします。
取得先は別途お知らせいたします。


【Phase2関連】シンクライアントのイメージ更新作業のお願い

 シンクライアントのデスクトップ上に、次期システム接続用のアイコンが表示となります。
シンクライアントを設置している部屋の管理者様には、各シンクライアント端末において、イメージ更新作業のご協力をお願いいたします。
該当の管理者様には、作業手順および、イメージ更新用USBメモリを3/19より配布予定です。


【Phase2関連】重要:シンクライアント利用停止のお知らせ(Unit1a,Unit3)

 シンクライアントの仮想デスクトップのデータ移行準備のため、Unit1aおよびUnit3のシンクライアントの利用が下記日程で停止となります。
ご不便をおかけして大変恐縮ですが、ご理解とご協力をお願いいたします。


<シンクライアント停止期間>
 2018/3/19(月) 9:00〜14:00

<対象Unit>
  Unit1a,Unit3

※スーパーコンピュータは稼働しているため、事前に投入されているジョブは継続実行されます。

【Phase2関連】ディスククオータ値について

 次期システムにおいて、ディスククオータ値が下記のとおり、変更となります。
UnitCにおいては、現時点で新規のアカウントおよびプロジェクトアカウントのみ適用となります。
UnitC(現システムのUnit2,3,4)の既存アカウントで、下記クオータ値を超過する場合は、4月以降にデータ整理をお願いいたします。
(UnitCのクオータ設定時期は未定です。別途お知らせします。)


【Phase2関連】注意:移行対象データについて

 次期システムへの移行対象データは、以下のとおりです。
対象外のデータについては、ご利用者様にて移行をお願いいたします。


【Phase2関連】注意:ソフトウェアのcurrentパスの廃止について

 次期システムでは、/usr/local/pkg/ソフトウェア/currentを廃止することになりました。
パスの書き換えはご利用者様にて、対応をお願いいたします。


ToMMoスパコンニュースNo.4(2018.2.2発行)

【重要】次期システムの利用説明会のご案内

 2018年4月運用開始予定の次期システムについて、説明会を開催いたします。
次期システムの概要、ご利用者の方に行っていただく作業、全体のスケジュール等について説明いたします。
重要な内容のため、ご参加いただき、各室またはグループ内で情報共有をお願いいたします。
ご都合が悪い場合は、必ず後日公開する動画を視聴くださいますよう、お願いいたします。

<ご利用者の方に行っていただく主な作業>
・シンクライアント端末のイメージ更新(シンクライアント端末を設置している所属の方)
・データ移行(ホームディレクトリ下のデータ、QNAPのデータ、シンクライアント上のデータ等)
・シンクライアントメールのデータ移行

■日時
 2018年2月9日(金) 14:00~15:30

■場所
 東北メディカル・メガバンク機構 メガバンク棟3F 小会議室1


次期システム更改に向けたメンテナンスのお知らせ(2月)

 次期システム更改に向けたメンテナンス作業において、ご利用者の方の利用に一部制限が発生します。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解とご協力をお願いいたします。

     

No. 日付 対象区画 内容
1 2018/2/5 9:00 – 2018/2/26 9:00 全Unit 日次バッックアップ停止
2 2018/2/5 9:00 – 2018/2/19 9:00 Unit3 /gshare1配下のデータRead Only
/gshare2配下のデータRead Only
3 2018/2/7 9:00 – 2018/2/8 17:00 全Unit データ持ち込み自動化スクリプト利用不可
データ転送自動化スクリプト利用不可
4 2018/2/9 9:00 – 17:00 Unit3 スーパーコンピュータ利用不可
シンクライアント利用可能
5 2018/2/19 9:00 – 2018/2/26 9:00 Unit3 /gshare1配下のデータ利用不可
/gshare2配下のデータ利用不可

メンテナンススケジュールは、こちらからご確認ください。
重要なお知らせはメールで送信いたしますので、今後もご注意ください。


クオータ値変更のお知らせ

 2018年4月運用開始予定の次期システムの利用から、個人アカウントおよびグループアカウントのクオータ値が変更となります。
現在のクオータ値よりも少ない値となるため、個人アカウントのみでのご利用の場合は、お早めにグループアカウントを申請いただき、ご準備ください。
グループアカウントの申請に関しては、こちらをご確認ください。


ToMMoスパコンニュースNo.3(2018.1.16発行)

スーパーコンピュータシステムの更改について

 2018年4月より、スーパーコンピュータシステムが更改となります。
システム更改に伴い、下記についてご理解とご協力をお願いいたします。

  1. 次期システム導入のための全システムの利用停止
      

    システム停止期間
             2018/1/26(金) 9:00 〜 2018/1/29(月) 9:00
  2. UGEで利用可能なノード数の削減
  3. 接続機器保守のためUnit3、Unit4のシステム利用停止
  4.   

    Unit3,Unit4システム停止期間
            2018/2/5(月) 〜 2018/2/9(金)の間の1日実施予定
             2018/2/9(金) 9:00 〜 17:00
         ※詳細は別途お知らせいたします。
  5. 日次バックアップの停止 [予定:2018/2/5(月) 〜 2018/2/25(日)]
  6. Unit3のGPFSの書込み停止(read only) [予定:2018/2/5(月) 〜 2018/2/18(日)]
  7. Unit3のGPFSの利用停止 [予定:2018/2/18(日) 〜 2018/2/25(日)]
  8. 現システムから次期システムへのデータ移行 [予定:2018/2/9(金) 〜 2018/3/23(金)]
  9. グループアカウントによる運用

3〜7の詳細については、メールや説明会等にてお知らせいたします。ご不明な点は、説明会等またはメールにてお問い合わせください。


メンテナンス情報のお知らせと確認方法について

 これまで、全てのメンテナンス情報をメールでお知らせしておりましたが、重大なものと軽微なものが乱立し、重大なお知らせが見落とされる傾向があることから、下記のような運用を行うこととなりました。ご理解、ご協力をお願いいたします。

これまで
  1. 全てのメンテナンスについて、メールでお知らせ
  2. 全てのメンテナンスについて、本ポータルサイトの「ホーム」のメンテナンススケジュールに掲載
2018年より
  1. 利用者への影響が軽微なメンテナンスについてはメールでお知らせいたしません。
    (例) Lusterへのアクセスが遅延する可能性のあるメンテナンス等
  2. 利用者への影響が重大なメンテナンス、障害について、メールでお知らせいたしまます。
    (例) システム停止を伴うメンテナンス等
  3. 全てのメンテナンス情報について、本ポータルサイトの「ホーム」のメンテナンススケジュールに掲載
注意

各Unitのポータルサイトには、メンテナンス情報の掲載はいたしません。
メンテナンスの有無については、ご利用前に、本ポータルサイトの「ホーム」のメンテナンススケジュールをご確認ください。


解析ツールの更新について

 下記のインストール済みの解析ツールについて最新バージョンに更新しました。

ant-1.10.1
biojava-4.2.9
biopython-1.70
BioPerl-1.7.1
cutadapt-1.15
Cython-0.27.3
Eigen-3.3.4
firefox-45.9.0esr
GenomeAnalysisTK-3.8-0
gnuplot-5.2.2
hdf5-1.10.1
IGV-2.4.4
MAFFT-7.313
meme-4.12.0
openmpi-3.0.0_gcc
ruby-2.4.2
snpEff-4.3t
svn-1.9.7
trinityrnaseq-2.5.1
VCFtools-0.1.15
virtualenvwrapper-4.8.2
zlib-1.2.11
plink-1.90b5.1

■確認方法

各Unitのポータルサイトの[ソフトウェア構成]の検索窓に確認したい解析ツールを入力します。解析ツールのインストール、更新をご希望の場合は、お問い合わせください。


年度更新手続きについて

 スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2018年3月31日となります。
次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。年度更新手続きについては、別途ご連絡いたします。
 次年度のご利用予定がない方については、アカウント利用休止・停止申請書のご提出をお願いいたします。


第2回ユーザ会開催のご案内

 利用者間の交流および、情報共有の場を目的とし、2017年11月より年4回、ユーザ会を開催しております。
今回は、下記の内容について情報共有を予定しております。

■日時
 2018年2月28日

■内容

     

No. 内容
1 スーパーコンピュータ運営委員会でのトピック抜粋
2 次期システム関連伝達事項
3 質疑

※内容は変更になる可能性があります。

ユーザ会開催月(予定)
2月/5月/8月/11月

詳細は、別途ご連絡いたします。


ディスククオータ設定の変更について

 Unit1p、Unit1a、Unit1bの区画について、クオータ値を変更いたしました。

データ削減、グループアカウントでの運用にご協力いただき、ありがとうございます。
まだご対応中の方についても、引き続き、ご対応をお願いいたします。

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2017年スパコン利用講習会について

2017年スパコン利用講習会は、終了いたしました。多くの方にご参加いただき、ありがとうございました。
講習会の資料に一部修正がありました。詳細と再取得は下記にてお願いいたします。なお、画像についても、近日公開予定です。

2017年講習会資料


稼働情報の確認方法

 各Unitのポータルサイトにて、稼働状況を確認できるようになりました。ご利用時、ご確認ください。

■確認できる稼働状況

  1. システムの稼働状況
  2. ゲートウェイサーバの使用リソース状況
  3. 共有メモリサーバの使用リソース状況

■確認方法
各Unitのポータルサイトの[稼働状況]


解析ツールの更新について

下記のインストール済みの解析ツールについて最新バージョンに更新しました。

abyss-2.0.2
annovar-2017Jul17
bedtools-2.26.0
blast-2.7.1+
bowtie-1.2.1.1
bowtie2-2.3.3.1
bwa-0.7.17
gcc-5.5.0
gcc-6.4.0
gcc-7.2.0
libxml2-2.9.7
MySQL-5.7.20
numpy-1.13.3
parallel-20171022
picard-tools-2.14.1
pypy-5.9
python-3.6.3
R-3.4.2

 

インストール済みの解析ツール、バージョン、パスは各Unitのポータルサイトにて確認可能です。

■確認方法
各Unitのポータルサイトの[ソフトウェア構成]の検索窓に確認したい解析ツールを入力します。解析ツールのインストール、更新をご希望の場合は、お問い合わせください。


非圧縮の参照配列について

 非圧縮の参照配列を下記に配置しましたのでご利用ください。※各Unitで保存先が異なります。

Unit 配置先
Unit1p /share1/db_uncompressed
Unit1a /share2/db_uncompressed
Unit1b /share2/db_uncompressed
Unit3 /share1/db_uncompressed
Unit4 /share1/db_uncompressed

グループアカウントの利用について

グループアカウントとは、複数人で共有するアカウント(ユーザ)です。ToMMoスーパーコンピュータでは、今後、プロジェクト(分譲、AMEDサービス利用、共同研究等の利用目的)毎にグループアカウントを作成いただき、グループアカウントにログインしてご利用いただくことになりました。
詳細は、こちらをご確認ください。

本ポータルサイトの「情報管理担当者用」からも確認可能です。


年末年始の運用について

 ゲノムプラットフォーム連携センターは、年末年始にかけて下記のとおり休業とさせていただきます。
期間中は、お問い合わせに応じることができず、ご不便をおかけていたしますが、ご了承のほど、よろしくお願いいたします。

<年末年始休業>
2017/12/29 (金) 〜 2018/1/3 (水)

本年は、ToMMoスーパーコンピュータをご利用いただき、ありがとうございました。
来る年もお引き立てのほど、よろしくお願いいたします。


ご不明な点はお気軽にお問い合わせください。

ToMMoスパコンニュースNo.1(2017.11.9発行)

2017年11月ユーザ会開催のご案内

 利用者間の交流および、情報共有の場を目的とし、2017年11月より年4回、ユーザ会を開催いたします。
今回は、下記の内容について情報共有を予定しております。

■日時
 2017年11月

■内容

No. 内容
1 スーパーコンピュータ運営委員会でのトピック抜粋
2 システム関連伝達事項
3 ゲノムプラットフォーム連携センターからのご連絡
4 質疑
5 ディスク使用状況とクオータの変更について

※内容は変更になる可能性があります。

ユーザ会開催月(予定)
2月/5月/8月/11月

詳細は、別途ご連絡いたします。


2017年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内

 今年度も、利用者の皆様にToMMoスーパーコンピュータシステムへの理解を深めていただくことを目的に、講習会を開催いたします。
今回は、新たにLixuxの基礎をハンズオンにて学べるよう企画しております。(事前準備が必要なため、必ず申込をお願いいたします。)
是非ご参加ください。

■詳細

https://sc.megabank.tohoku.ac.jp/2017_lec


NXサーバにおけるメモリ使用量の制限について

 少数ユーザの大量メモリ消費によるサーバ全体への影響回避のため、各UnitのNXサーバに対し、リソース制限としてメモリの使用量の制限(物理メモリ : 16GB)を導入しております。
 NXサーバでの大量のメモリを使う処理を実行して、1ユーザ当たりのメモリ使用量の上限(16GB)に達した時点で、処理が強制終了となります。
大量のメモリを使う処理を実行する場合、以下のいずれかかを実施するよう、お願いいたします。

  1. qlogin用ノード上での実行
  2. 共有メモリ型計算機での実行

    Unit1p tma101
    Unit1a cla208(256GBメモリ)
    Unit1b clb208(256GBメモリ)
    Unit3 tmc101
    Unit4 tmd101、tmd201
  3. UGEによるジョブの投入

便利なコマンド(ldapid)について

 スーパーコンピュータ上でご自身が所属するグループおよび、グループアカウントについて、下記のことが確認できるコマンドがあります。
データ共有時や申請時に実行してご確認ください。

  • 所属しているグループのメンバーの確認
  • グループアカウントに紐付けされているアカウントの確認

詳細は、各Unitのポータルサイトの「利用方法」ー>ソフトウェア利用方法ー>スーパーコンピュータ用独自コマンド「ユーザ情報の確認(ldapidコマンド)」をご確認ください。

<実行例>

$ ldapid
======================================
unitX User LDAP confirmation tool
======================================
[No] UserName:(UserID):PrimaryGrp,SubGrp...
======================================
[ 1] taro(uid=0000) [taro.seiryo]: lab1,lab2
[No] UserID: PublicKey condition
======================================
[Belong with]     proj1 [Shared User]
[Belong with]     proj2 [Shared User]
======================================
[No] GroupName:(GroupID):Member...
======================================
[SELECT] proj1(gid=1111):
[ 1] proj1: proj1
[ 2] aoba: aoba.miyagi
[ 3] hagi: hagi.tsukino

便利なコマンド(showquota)について

 自分自身および、所属するグループのディスク使用量やクオータの設定値を確認できるコマンドがあります。
個人のアカウントとグループアカウントには、ディスク使用量を制限しております。制限値を超えた状態で7日間経過すると、ファイルの書込みができなくなりますので、定期的にコマンドで現状をご確認ください。
なお、Unit1p以外の区画について、制限値の90%を超えた場合は、シンクライアントメールで通知することを開始しました。

<実行例>

$ showquota
=============== User Quota Information  ===============

[BLOCK quota of seiryo account]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :       0.06TB/     20.00TB/     25.00TB
/share3    :       0.00TB/     20.00TB/     25.00TB

[I-NODE quota of hirano account]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :        31837/   100000000/   125000000
/share3    :            0/   100000000/   125000000

=============== Group Quota Information ===============

[BLOCK quota of lab1 group]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :      41.12TB/     nolimit/     nolimit
/share3    :       0.00TB/     nolimit/     nolimit

[I-NODE quota of kinolab group]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :     50477226/     nolimit/     nolimit
/share3    :            0/     nolimit/     nolimit

ご不明な点はお気軽にお問い合わせください。