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ToMMoスパコンニュースNo.40（2021.10.8 発行）

【重要】[UnitA][UnitC]ニアラインストレージ(nshare)運用終了のお知らせ

　UnitAおよびUnitCにおいて、再作成が可能な中間データ等の利用頻度が少なくデータサイズが
大きいデータの保管場所として、ニアラインストレージのサービスを行っておりました。
本サービスについて、維持・管理が困難となったことから、ご利用状況を鑑みて、運用を終了させていただきます。
ニアラインストレージをご利用中でデータ退避等が必要な場合は、運用終了前に対応をお願いいたします。

[1]運用終了日
　2021年10月31日 17:00

[2] 運用終了するニアラインストレージ
  ・UnitA　/nshare1
  ・UnitC　/nshare1
　※上記は/home/アカウント名/nearlineからアクセス可能な領域です。

[3]注意事項
　 運用終了後は、上記の領域にあるデータは削除され、
　 /home/アカウント名/nearlineから取出しができなくなります。

[UnitB][UnitC]指紋認証付USBメモリへの書き出し期限変更のお知らせ

　コロナ禍での外出自粛や日本橋共用端末室の予約が取りにくいことを考慮し、InerSafeWorkFlowにてデータ持出申請で承認されたデータについて、指紋認証付USBメモリに書き出すことが可能な期限を7日から1ヶ月に変更しました。
承認から1ヶ月以内に指紋認証付USBメモリに書き出せなかった場合は、再度申請をお願いいたします。

＜指紋認証付USBメモリへの書き出し可能期限＞
　　データ持出申請の承認から1ヶ月

申請書の様式変更のお知らせ

　「データ持出・転送申請書」について、様式変更を行いました。
申請書は、予告なく変更する場合もありますので、申請の際は、最新の申請書のダウンロードをお願いします。

＜取得場所＞
　 本ポータルサイトの左側メニューの「利用申請」　ー＞　「各種申請と書類」

インストールしたソフトウェアについて

　9月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの左側メニューにある「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

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ToMMoスパコンニュースNo.39（2021.8.31 発行）

ログインノード負荷軽減のお願い

　ログインノードでCPUおよびメモリに負荷の大きいツール（plinkやBWA、R等）の実行により、処理の遅延や他のご利用者のログインができない状態になる場合があります。
Slurmで対話的にコマンドを実行することが可能です。
ログインノードの負荷軽減のため、Slurm経由でのジョブ実行と、未使用時のログアウトのご協力をお願いいたします。

Slurmで対話的にコマンドを実行する方法（例）
   $ srun -c 1 -p intr.q --pty bash -i
※-cの後ろの数字には使用したいコア数を指定します。この例では1コア指定しています。

GPUサーバ利用不可のお知らせ

　メンテナンスに伴い、GPUサーバを下記の日程で停止します。
ご利用の皆さまにはご不便をおかけいたしますが、ご理解とご協力のほど、よろしくお願いいたします。

 ＜メンテナンス期間＞
  [UnitA] 2021年9月8日(水) 8:30 - 2021年9月9日(木) 17:30 
  [UnitB] 2021年9月1日(水) 8:30 - 2021年9月2日(木) 17:30 
  [UnitC] 2021年9月8日(水) 8:30 - 2021年9月9日(木) 17:30

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。 ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。

Slurm利用マニュアル更新のお知らせ

　GPUの利用に関して、Slurm利用マニュアルを更新しました。
ご利用の際は、下記にてマニュアルのご確認をお願いいたします。

＜Slurm利用マニュアル掲載場所＞
各Unitのポータルサイトの下記に掲載しております。
　左側メニューの[利用方法]
　ー＞[ソフトウェア利用方法]
　ー＞[ジョブ管理システム(Slurm Workload Manager,Slurm)]
　ー＞[Slurmの利用について]
※UnitAのポータルサイトの閲覧手順はこちらをご確認ください。

稼働状況の確認方法について

　各Unitの稼働状況および、ログインノード、共有メモリサーバの使用状況について、ポータルサイトで確認が可能です。
ご利用時にご活用ください。
＜稼働状況の確認＞
各Unitのポータルサイトの下記に掲載しております。
　左側メニューの[稼働状況]
※UnitAのポータルサイトの閲覧手順はこちらをご確認ください。

インストールしたソフトウェアについて

　8月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの左側メニューにある「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

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ToMMoスパコンニュースNo.38（2021.7.16 発行）

2021年度スーパーコンピュータ利用講習会について

　2021年度のスーパーコンピュータ利用講習会は、資料と動画の配信で実施することとなりました。
一部を除き、先行して各Unitのポータルサイトにて資料および動画の閲覧が可能です。
ご利用の際に、ご確認ください。
＜掲載場所＞
　　　各Unitのポータルサイトの左側メニューの[利用方法]ー＞[講習会・説明会資料]ー＞　「2021年度 利用者講習会」　

[UnitC]Slurm利用不可(7/20)のお知らせ

　UnitCのジョブスケジューラ(Slurm)について、メンテナンスのため、下記日程で停止いたします。
ご利用の皆様にはご不便をおかけいたしますが、ご理解とご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜Slurm停止期間＞
   2021年7月20日(火) 8:30 ～ 12:30

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。 ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。

共用端末室の予約フォームのお知らせ

　共用端末室はご予約してご利用いただいております。
機構外の方を対象とした予約フォームを開設しました。
予約フォームよりご予約いただき、ご利用をお願いいたします。
※東北大学教職員の方は「東北大学ポータルサイト」から予約してください。
※共用端末室は事前に利用申請が必要です。
共用端末室の利用については、本ポータルサイトの[利用申請]ー＞[各種申請と書類]ー＞[利用場所について]の「(g-1)共用端末室」に掲載しております。

インストールしたソフトウェアについて

　6,7月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの左側メニューにある「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

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ToMMoスパコンニュースNo.37（2021.5.14発行）

ジョブ管理システム（Slurm）の利用マニュアル更新のお知らせ

　Slurmの利用マニュアルについて、複数CPUを指定時のオプションの訂正とご利用可能なパーティション情報を追記をして、4/9に更新しております。
ご確認をお願いいたします。

  （実行例）
  　　オプション：　-c 

      $ sbatch -c 2 --mem-per-cpu=16G testcom.sh

＜Slurm利用マニュアル＞
各Unitのポータルサイトの下記に掲載しております。
　左側メニューの[利用方法]
　ー＞[ソフトウェア利用方法]
　ー＞[ジョブ管理システム(Slurm Workload Manager,Slurm)]
　ー＞[Slurmの利用について]

※UnitAのポータルサイトの閲覧方法はこちらをご確認ください。

2021年度スーパーコンピュータ利用講習会について

　今年度も、利用者の皆様にToMMoスーパーコンピュータシステムへの理解を深めていただくことを目的に、6月25日（金）に講習会を行う予定です。
開催方法等の詳細については、別途ご案内いたします。

これまでの講習会の資料については、各Unitのポータルサイトの「利用方法」ー＞「講習会・説明会資料」にてご確認ください。

【UnitB,UnitC】画面表示不具合の解消手順について

　シンクライアント端末から仮想デスクトップにログインした際、通常の青い背景画面と黒画面が交互に表示する等、不具合が発生する場合があります。
画面の表示に不具合が発生した場合は、下記の手順の操作を実施してください。

  1. 画面上部のメニューバーの[オプション]ー＞[デスクトップをリセット]をクリック
  2. 再度、指紋認証で仮想テスクトップにログイン

※詳細は、UnitBおよびUnitCのポータルサイトの上部にも掲載しております。

【UnitB,UnitC】指紋認証付きUSBメモリを使用したデータ持込・持出のデータサイズ上限変更について

　指紋認証付きUSBメモリを使用したデータ持込・持出の申請について、2GB未満から4GB未満のデータの持込・持出が可能となりました。
ただし、2GB以上のデータ持込・持出の申請の際は、下記についてご注意ください。

　　＜2GB以上のデータ持込・持出の注意点＞
・申請、ファイル書出し実行の処理が完了するまでに10分以上要します。
・申請中およびファイル書出し中にシンクライアント端末がスリープ状態になると、処理が中断します。
（10分間、端末の操作がないとスリープ状態となります。）
・処理完了のメッセージが出力しても、指紋認証付きUSBメモリが点滅中は、抜き取らないでください。
（指紋認証付きUSBメモリが点滅中は、処理中です。）

インストールしたソフトウェアについて

　4月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。

インストールパスは、各Unitのポータルサイトの左側メニューにある「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

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ToMMoスパコンニュースNo.36（2021.3.31発行）

【重要】ジョブ管理システム（Slurm）への切り替えについて

　スーパーコンピュータのリソースおよび性能の拡充に向け、ご利用可能なジョブ管理システムについて、2021年4月1日より、Univa Grid EngineからSlurm Workload Managerに切替ります。
3月31日 17時に実行中および、スケジュールされているジョブについてはKILLして切り替えとなります。
3月31日までに終了が難しいジョブについては実施をお控えいただき、4月1日以降にSlurmにて実施ください。
　ご理解、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

  • ご利用可能なジョブ管理システム
    　　＜2020年3月31日 17:00まで＞
    　　　　　Univa Grid Engine
    　　　　　※2020年3月31日 17:00時点で実行中および、スケジュールされているジョブはKILLします。

    　　＜2021年4月1日 13:00以降＞
    　　　　　Slurm Workload Manager（https://slurm.schedmd.com/documentation.html）

  • UGEとSlurmの対応表

    　　こちらでご確認ください。

  • Slurmのマニュアル
    　　各Unitのポータルサイトの下記に掲載しております。
    左側メニューの[利用方法]ー＞[ソフトウェア利用方法]ー＞ジョブ管理システム(Slurm WorkLoad Manager,Slurm)[Slurmの利用について]

※UnitAのポータルサイトの閲覧方法はこちらを確認ください。

スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

　スーパーコンピュータシステム利用年度更新手続きについて、ご協力いただき、ありがとうございました。
提出期限内にご提出がなかったアカウントについては、利用期限が2021/3/31となり、来年度よりご利用ができない状態となります。
期限を過ぎてご提出した場合は、一旦利用ができない状態となり、4月以降に利用期限延長となります。
所属や連絡先（メールアドレス等）が変更となった場合は、
スーパーコンピュータ利用変更申請書にて、申請をお願いいたします。

インストールしたソフトウェアについて

　3月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの左側メニューにある「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

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ToMMoスパコンニュースNo.35（2021.2.22 発行）

【重要：UnitA】2/24-2/25 メンテナンスによる利用不可のお知らせ

UnitAについて、下記の期間にてメンテナンスを実施いたします。
期間中、スーパーコンピュータへの接続ができない状態となります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜メンテナンス日時＞
　　2021年2月24日(水) 9:00 〜 2021年2月25日(木) 17:00

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。
ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。

【重要：UnitC】3/18 メンテナンスによる利用不可のお知らせ

UnitCについて、下記の期間にてメンテナンスを実施いたします。
期間中、スーパーコンピュータへの接続ができない状態となります。
シンクライアントはご利用可能ですが、一時的にご利用できない場合があります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜メンテナンス日時＞
　　2021年3月18日(木) 9:00 〜 17:00

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。
ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。

【重要】スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

　スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2021年3月31日となります。
次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。
期限内にお手続きがない場合は、4月からご利用できなくなる場合があります。
アカウントの更新申請の詳細は、こちらをご確認ください。
　また、本年度より、情報持込・持出責任者、情報管理担当者に任命された方は、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講が必須となりました。次年度、任命された方は、任命届けの提出前に、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講をお願いします。

　手続きについて、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜申請書の提出期限＞
　　2021年3月15日(月)

公共データベースの削除のお知らせ

　前々回のスパコンニュースでご案内した「公共データベースの削除に関するアンケート」について、ご協力いただき、ありがとうございました。
アンケート結果とライセンス状況より、一部の公共データベースの削除と追加を行います。
削除する公共データベースについては、2021年3月よりご利用ができなくなります。
削除対象および、追加する公共データベースは、今月のスパコンニュースのご案内メールのURLをご確認ください。

ジョブ管理システム切替え（UGEー＞Slurm）のお知らせ

　スーパーコンピュータのリソースおよび性能の拡充に向け、ご利用可能なジョブ管理システムについて、2021年4月よりUniva Grid EngineからSlurm Workload Managerに切替えます。
切替えによるコマンド等の変更は、下記対応表でご確認をお願いいたします。
　ご理解、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

  • ご利用可能なジョブ管理システム
    　　＜2020年3月末まで＞
    　　　　　Univa Grid Engine
    　　＜2021年4月以降＞
    　　　　　Slurm Workload Manager（https://slurm.schedmd.com/documentation.html）
  • UGEとSlurmの対応表

    　　こちらでご確認ください。

  • Slurmのマニュアル
    　　準備が整い次第、ToMMoスパコンニュースおよび、各ご利用区画のポータルサイトにてご案内します。
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ToMMoスパコンニュースNo.34（2021.2.1 発行）

【重要】スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

　スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2021年3月31日となります。
次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。
期限内にお手続きがない場合は、4月からご利用できなくなる場合があります。
アカウントの更新申請の詳細は、こちらをご確認ください。
　また、本年度より、情報持込・持出責任者、情報管理担当者に任命された方は、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講が必須となりました。次年度、任命された方は、任命届けの提出前に、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講をお願いします。

更新申請の手続きに関するご案内を近日、取りまとめ頂く方（事務補佐員・秘書様、情報管理担当者等）宛にご連絡しますので、ご確認をお願いいたします。
　手続きについて、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜申請書の提出期限＞
　　2021年3月15日(月)

公共データベースの削除のお知らせ

　前回のスパコンニュースでご案内した「公共データベースの削除に関するアンケート」について、ご協力いただき、ありがとうございました。
アンケート結果とライセンス状況より、一部の公共データベースの削除と追加を行います。
削除する公共データベースについては、2021年3月よりご利用ができなくなります。
削除対象および、追加する公共データベースは、今月のスパコンニュースのご案内メールのURLをご確認ください。

【重要：UnitA】2/24-2/25 メンテナンスによる利用不可のお知らせ

UnitAについて、下記の期間にてメンテナンスを実施いたします。
期間中、スーパーコンピュータへの接続ができない状態となります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜メンテナンス日時＞
　　2021年2月24日(水) 9:00 〜 2021年2月25日(木) 17:00

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。
ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。

日本橋共用端末室の利用に関するお知らせ

　新型コロナウィルス感染症緊急事態宣言に伴い、感染拡大防止のため、日本橋共用端末室は複数名でのご利用をお控えいただいております。
ご協力のほど、よろしくお願いいたします。
※日本橋共用端末室は、スーパーコンピュータのアカウントをお持ちの全ての方が利用可能です。
※ご利用には、事前に利用申請と端末の予約申請が必要です。詳細はこちらをご確認ください。

利用ガイドについて

　スーパーコンピュータのご利用ガイドを作成しました。
スーパーコンピュータの利用区画やアカウント、データの持込・持出など、利用の際に役立つ概要を記載しております。
ご利用中にお困りの際や、ご利用を検討されている方へのご案内に、ご活用ください。
　ご利用ガイド
https://sc.megabank.tohoku.ac.jp/guide/application

インストールしたソフトウェアについて

　12月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

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ToMMoスパコンニュースNo.33（2020.12.16 発行）

【重要：UnitA、UnitB、UnitC】12/18-12/21 スパコン全停止のお知らせ

　ToMMoへの機器導入のため、下記日程でスーパーコンピュータシステムを全停止いたします。
期間中は、UnitA、UnitB、UnitCのすべての区画から、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
また、UnitB、UnitCについては、シンクライアントへのログインもできない状態となります。
本ポータルサイトも閲覧ができない状態となります。
ご迷惑をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

＜全停止期間＞
　　2020年12月18日(金) 12:00 〜 2020年12月21日(月) 17:00

公共データベースの削除に関するアンケートご協力のお願い

　今月のスパコンニュースのご案内メールに、公共データベースの削除に関するアンケートのURLを記載しております。
/share1/dbに配置している公共データベースについて、ご利用がないものについては、削除いたします。
今後のスパコンのご利用促進、サービス提供に役立てて参りますので、アンケートへのご協力をお願いいたします。

インストールしたソフトウェアについて

　12月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。

年末年始の運用サポートについて

　　ゲノムプラットフォーム連携センターは、年末年始にかけて下記のとおり休業とさせていただきます。
また、共用端末室、日本橋共用端末室は、下記の期間についてご利用ができません。
期間中は、お問い合わせに応じることができず、ご不便をおかけいたしますが、ご了承のほど、よろしくお願いいたします。
※申請書およびメールでのお問い合わせは受付いたします。

＜ゲノムプラットフォーム連携センター年末年始休業＞
  2020/12/28　（月）　〜　2021/1/4 （月）

＜共用端末室の利用不可＞
  2020/12/29　（火）　〜　2021/1/3 （日）

＜日本橋共用端末室の利用不可＞
  2020/12/26　（土）　〜　2021/1/4 （月）

本年は、ToMMoスーパーコンピュータをご利用いただき、ありがとうございました。
来る年もお引き立てのほど、よろしくお願いいたします。

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ToMMoスパコンニュースNo.32（2020.11.18 発行）

【重要：UnitB】11/24-11/25 利用不可のお知らせ

　メンテナンスに伴い、メンテナンス中、UnitBのスーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、UnitBのポータルサイトまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
当サイトのメンテナンス情報は、該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

＜メンテナンス日時＞
　　2020年11月24日(火) 9:00 〜 2020年11月25日(水) 17:00

【重要：UnitA、UnitB、UnitC】12/18-12/21 スパコン全停止のお知らせ

　ToMMoへの機器導入のため、下記日程でスーパーコンピュータシステムを全停止する予定です。
期間中は、UnitA、UnitB、UnitCのすべての区画から、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
また、UnitB、UnitCについては、シンクライアントへのログインもできない状態となります。

＜全停止期間＞
　　2020年12月18日(金) 12:00 〜 2020年12月21日(月) 17:00

AnacondaのPATH設定における注意事項について

　.bashrcや.bash_profileにAnacondaのPATHを通す設定を追加する際は、デフォルトの記載内容の後ろに追加してください。
デフォルトの記載内容の前に追加した場合、下記のメッセージ等が出力して、NX(NoMachine)にて接続利用ができない場合があります。
下記のメッセージ等が出力してNX（NoMachine)が接続利用できない場合は、.bashrcや.bash_profileのAnacondaの設定の記載場所についてご確認ください。

Could not start D-Bus. Can you call qdbus?

※詳細は、各Unitのポータルサイトの「よくある質問」に掲載しております。

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ToMMoスパコンニュースNo.31（2020.10.26 発行）

【重要：UnitB】10/27、11/24-11/25 利用不可のお知らせ

　メンテナンスに伴い、メンテナンス中、UnitBのスーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、UnitBのポータルサイトまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
当サイトのメンテナンス情報は、該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

＜メンテナンス日時＞
　　2020年10月27日(火) 9:00 〜 16:00
　　2020年11月24日(火) 9:00 〜 2020年11月25日(水) 17:00

【重要：UnitA、UnitB、UnitC】12/18-12/21 スパコン全停止のお知らせ

　ToMMoへの機器導入のため、下記日程でスーパーコンピュータシステムを全停止する予定です。
期間中は、UnitA、UnitB、UnitCのすべての区画から、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
また、UnitB、UnitCについては、シンクライアントへのログインもできない状態となります。

＜全停止期間＞
　　2020年12月18日(金) 12:00 〜 2020年12月21日(月) 17:00

【UnitB、UnitC】仮想デスクトップ画面の表示不具合時の対処法について

　シンクライアント端末から仮想デスクトップにログインした際、通常の青い背景画面と黒画面が交互に表示する等、不具合が発生する場合があります。
画面の表示に不具合が発生した場合は、下記の手順の操作を実施してください。

  1. 画面上部のメニューバーの[オプション]ー＞[デスクトップをリセット]をクリック
  2. 再度、指紋認証で仮想テスクトップにログイン

※詳細は、UnitBおよびUnitCのポータルサイトの上部にも掲載しております。