「メルマガ」カテゴリーアーカイブ

ToMMoスパコンニュースNo.36(2021.3.31発行)

【重要】ジョブ管理システム(Slurm)への切り替えについて

 スーパーコンピュータのリソースおよび性能の拡充に向け、ご利用可能なジョブ管理システムについて、2021年4月1日より、Univa Grid EngineからSlurm Workload Managerに切替ります。
3月31日 17時に実行中および、スケジュールされているジョブについてはKILLして切り替えとなります。
3月31日までに終了が難しいジョブについては実施をお控えいただき、4月1日以降にSlurmにて実施ください。
 ご理解、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

  • ご利用可能なジョブ管理システム
      <2020年3月31日 17:00まで>
         Univa Grid Engine
         ※2020年3月31日 17:00時点で実行中および、スケジュールされているジョブはKILLします。

      <2021年4月1日 13:00以降>
         Slurm Workload Manager(https://slurm.schedmd.com/documentation.html

  • UGEとSlurmの対応表

      こちらでご確認ください。

  • Slurmのマニュアル
      各Unitのポータルサイトの下記に掲載しております。
    左側メニューの[利用方法]ー>[ソフトウェア利用方法]ー>ジョブ管理システム(Slurm WorkLoad Manager,Slurm)[Slurmの利用について]

※UnitAのポータルサイトの閲覧方法はこちらを確認ください。


スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

 スーパーコンピュータシステム利用年度更新手続きについて、ご協力いただき、ありがとうございました。
提出期限内にご提出がなかったアカウントについては、利用期限が2021/3/31となり、来年度よりご利用ができない状態となります。
期限を過ぎてご提出した場合は、一旦利用ができない状態となり、4月以降に利用期限延長となります。
所属や連絡先(メールアドレス等)が変更となった場合は、
スーパーコンピュータ利用変更申請書にて、申請をお願いいたします。


インストールしたソフトウェアについて

 3月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの左側メニューにある「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


ToMMoスパコンニュースNo.35(2021.2.22 発行)

【重要:UnitA】2/24-2/25 メンテナンスによる利用不可のお知らせ

UnitAについて、下記の期間にてメンテナンスを実施いたします。
期間中、スーパーコンピュータへの接続ができない状態となります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

<メンテナンス日時>
  2021年2月24日(水) 9:00 〜 2021年2月25日(木) 17:00

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。
ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。


【重要:UnitC】3/18 メンテナンスによる利用不可のお知らせ

UnitCについて、下記の期間にてメンテナンスを実施いたします。
期間中、スーパーコンピュータへの接続ができない状態となります。
シンクライアントはご利用可能ですが、一時的にご利用できない場合があります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

<メンテナンス日時>
  2021年3月18日(木) 9:00 〜 17:00

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。
ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。


【重要】スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

 スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2021年3月31日となります。
次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。
期限内にお手続きがない場合は、4月からご利用できなくなる場合があります。
アカウントの更新申請の詳細は、こちらをご確認ください。
 また、本年度より、情報持込・持出責任者、情報管理担当者に任命された方は、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講が必須となりました。次年度、任命された方は、任命届けの提出前に、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講をお願いします。

 手続きについて、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

<申請書の提出期限>
  2021年3月15日(月)

公共データベースの削除のお知らせ

 前々回のスパコンニュースでご案内した「公共データベースの削除に関するアンケート」について、ご協力いただき、ありがとうございました。
アンケート結果とライセンス状況より、一部の公共データベースの削除と追加を行います。
削除する公共データベースについては、2021年3月よりご利用ができなくなります。
削除対象および、追加する公共データベースは、今月のスパコンニュースのご案内メールのURLをご確認ください。


ジョブ管理システム切替え(UGEー>Slurm)のお知らせ

 スーパーコンピュータのリソースおよび性能の拡充に向け、ご利用可能なジョブ管理システムについて、2021年4月よりUniva Grid EngineからSlurm Workload Managerに切替えます。
切替えによるコマンド等の変更は、下記対応表でご確認をお願いいたします。
 ご理解、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

  • ご利用可能なジョブ管理システム
      <2020年3月末まで>
         Univa Grid Engine
      <2021年4月以降>
         Slurm Workload Manager(https://slurm.schedmd.com/documentation.html
  • UGEとSlurmの対応表

      こちらでご確認ください。

  • Slurmのマニュアル
      準備が整い次第、ToMMoスパコンニュースおよび、各ご利用区画のポータルサイトにてご案内します。

ToMMoスパコンニュースNo.34(2021.2.1 発行)

【重要】スーパーコンピュータ利用年度更新手続きについて

 スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2021年3月31日となります。
次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。
期限内にお手続きがない場合は、4月からご利用できなくなる場合があります。
アカウントの更新申請の詳細は、こちらをご確認ください。
 また、本年度より、情報持込・持出責任者、情報管理担当者に任命された方は、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講が必須となりました。次年度、任命された方は、任命届けの提出前に、「データセキュリティに関する確認テスト」の受講をお願いします。

更新申請の手続きに関するご案内を近日、取りまとめ頂く方(事務補佐員・秘書様、情報管理担当者等)宛にご連絡しますので、ご確認をお願いいたします。
 手続きについて、ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

<申請書の提出期限>
  2021年3月15日(月)

公共データベースの削除のお知らせ

 前回のスパコンニュースでご案内した「公共データベースの削除に関するアンケート」について、ご協力いただき、ありがとうございました。
アンケート結果とライセンス状況より、一部の公共データベースの削除と追加を行います。
削除する公共データベースについては、2021年3月よりご利用ができなくなります。
削除対象および、追加する公共データベースは、今月のスパコンニュースのご案内メールのURLをご確認ください。


【重要:UnitA】2/24-2/25 メンテナンスによる利用不可のお知らせ

UnitAについて、下記の期間にてメンテナンスを実施いたします。
期間中、スーパーコンピュータへの接続ができない状態となります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

<メンテナンス日時>
  2021年2月24日(水) 9:00 〜 2021年2月25日(木) 17:00

※メンテナンスの情報は、本ポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンススケジュール]・[お知らせ]、各Unitのポータルサイトの[ホーム]の[メンテナンス情報]に掲載しております。
ご利用の際は、ご確認をお願いいたします。


日本橋共用端末室の利用に関するお知らせ

 新型コロナウィルス感染症緊急事態宣言に伴い、感染拡大防止のため、日本橋共用端末室は複数名でのご利用をお控えいただいております。
ご協力のほど、よろしくお願いいたします。
※日本橋共用端末室は、スーパーコンピュータのアカウントをお持ちの全ての方が利用可能です。
※ご利用には、事前に利用申請と端末の予約申請が必要です。詳細はこちらをご確認ください。


利用ガイドについて

 スーパーコンピュータのご利用ガイドを作成しました。
スーパーコンピュータの利用区画やアカウント、データの持込・持出など、利用の際に役立つ概要を記載しております。
ご利用中にお困りの際や、ご利用を検討されている方へのご案内に、ご活用ください。
 ご利用ガイド
https://sc.megabank.tohoku.ac.jp/guide/application


インストールしたソフトウェアについて

 12月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


ToMMoスパコンニュースNo.33(2020.12.16 発行)

【重要:UnitA、UnitB、UnitC】12/18-12/21 スパコン全停止のお知らせ

 ToMMoへの機器導入のため、下記日程でスーパーコンピュータシステムを全停止いたします。
期間中は、UnitA、UnitB、UnitCのすべての区画から、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
また、UnitB、UnitCについては、シンクライアントへのログインもできない状態となります。
本ポータルサイトも閲覧ができない状態となります。
ご迷惑をおかけして恐縮ですが、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

<全停止期間>
  2020年12月18日(金) 12:00 〜 2020年12月21日(月) 17:00

公共データベースの削除に関するアンケートご協力のお願い

 今月のスパコンニュースのご案内メールに、公共データベースの削除に関するアンケートのURLを記載しております。
/share1/dbに配置している公共データベースについて、ご利用がないものについては、削除いたします。
今後のスパコンのご利用促進、サービス提供に役立てて参りますので、アンケートへのご協力をお願いいたします。


インストールしたソフトウェアについて

 12月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


年末年始の運用サポートについて

  ゲノムプラットフォーム連携センターは、年末年始にかけて下記のとおり休業とさせていただきます。
また、共用端末室、日本橋共用端末室は、下記の期間についてご利用ができません。
期間中は、お問い合わせに応じることができず、ご不便をおかけいたしますが、ご了承のほど、よろしくお願いいたします。
※申請書およびメールでのお問い合わせは受付いたします。

<ゲノムプラットフォーム連携センター年末年始休業>
  2020/12/28 (月) 〜 2021/1/4 (月)

<共用端末室の利用不可>
  2020/12/29 (火) 〜 2021/1/3 (日)

<日本橋共用端末室の利用不可>
  2020/12/26 (土) 〜 2021/1/4 (月)

本年は、ToMMoスーパーコンピュータをご利用いただき、ありがとうございました。
来る年もお引き立てのほど、よろしくお願いいたします。


ToMMoスパコンニュースNo.32(2020.11.18 発行)

【重要:UnitB】11/24-11/25 利用不可のお知らせ

 メンテナンスに伴い、メンテナンス中、UnitBのスーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、UnitBのポータルサイトまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
当サイトのメンテナンス情報は、該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

<メンテナンス日時>
  2020年11月24日(火) 9:00 〜 2020年11月25日(水) 17:00

【重要:UnitA、UnitB、UnitC】12/18-12/21 スパコン全停止のお知らせ

 ToMMoへの機器導入のため、下記日程でスーパーコンピュータシステムを全停止する予定です。
期間中は、UnitA、UnitB、UnitCのすべての区画から、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
また、UnitB、UnitCについては、シンクライアントへのログインもできない状態となります。

<全停止期間>
  2020年12月18日(金) 12:00 〜 2020年12月21日(月) 17:00

AnacondaのPATH設定における注意事項について

 .bashrcや.bash_profileにAnacondaのPATHを通す設定を追加する際は、デフォルトの記載内容の後ろに追加してください。
デフォルトの記載内容の前に追加した場合、下記のメッセージ等が出力して、NX(NoMachine)にて接続利用ができない場合があります。
下記のメッセージ等が出力してNX(NoMachine)が接続利用できない場合は、.bashrcや.bash_profileのAnacondaの設定の記載場所についてご確認ください。

Could not start D-Bus. Can you call qdbus?

※詳細は、各Unitのポータルサイトの「よくある質問」に掲載しております。


ToMMoスパコンニュースNo.31(2020.10.26 発行)

【重要:UnitB】10/27、11/24-11/25 利用不可のお知らせ

 メンテナンスに伴い、メンテナンス中、UnitBのスーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、UnitBのポータルサイトまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
当サイトのメンテナンス情報は、該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

<メンテナンス日時>
  2020年10月27日(火) 9:00 〜 16:00
  2020年11月24日(火) 9:00 〜 2020年11月25日(水) 17:00

【重要:UnitA、UnitB、UnitC】12/18-12/21 スパコン全停止のお知らせ

 ToMMoへの機器導入のため、下記日程でスーパーコンピュータシステムを全停止する予定です。
期間中は、UnitA、UnitB、UnitCのすべての区画から、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
また、UnitB、UnitCについては、シンクライアントへのログインもできない状態となります。

<全停止期間>
  2020年12月18日(金) 12:00 〜 2020年12月21日(月) 17:00

【UnitB、UnitC】仮想デスクトップ画面の表示不具合時の対処法について

 シンクライアント端末から仮想デスクトップにログインした際、通常の青い背景画面と黒画面が交互に表示する等、不具合が発生する場合があります。
画面の表示に不具合が発生した場合は、下記の手順の操作を実施してください。

  1. 画面上部のメニューバーの[オプション]ー>[デスクトップをリセット]をクリック
  2. 再度、指紋認証で仮想テスクトップにログイン

※詳細は、UnitBおよびUnitCのポータルサイトの上部にも掲載しております。


ToMMoスパコンニュースNo.30(2020.10.5 発行)

【重要:UnitC】10/6 9:00-10/7 17:00 利用不可のお知らせ

 メンテナンスに伴い、メンテナンス中、UnitCのシンクライアントおよび、スーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、UnitCのポータルサイトまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
当サイトのメンテナンス情報は、該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

<メンテナンス日時>
  2020年10月6日(火) 9:00 〜 2020年10月7日(水) 17:00

UnitB接続利用場所の新設のお知らせ

 より多くの研究者の利便性を鑑み、東北大学東北メディカル・メガバンク機構日本橋分室内(東京都中央区、日本橋室町三井タワー7階)に訪問型の遠隔セキュリティエリア(日本橋共用端末室)を設置しました。
日本橋共用端末室は、UnitBのアカウントをお持ちの全ての方が利用可能です。ぜひ、ご利用ください。
※ご利用には、事前に利用申請と端末の予約申請が必要です。詳細はこちらをご確認ください。


共用端末室の利用予約について

 ToMMoに設置している共用端末室をご利用の際は、必ず端末の予約をお願いいたします。
端末の予約は、共用端末室の利用申請済みで、東北大IDのある方のみ可能です。(8月より新グループウェアで予約するよう予約方法が変更となりました。)
 共同研究でご利用の方はToMMoの教員、情報分譲でご利用の方は試料・情報分譲室に、事前にご利用日の予約依頼をお願いいたします。


インストールしたソフトウェアについて

 9月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


スパコンニュースNo.29(2020.8.26 発行)

qsubコマンドのメモリサイズ指定値チェック機能追加のお知らせ

 UGEのジョブ投入用コマンドqsubについて、メモリサイズ指定値(s_vmem、mem_req)の構文チェック機能を追加します。
機能追加の日程と機能追加後の注意事項は下記のとおりです。

 <機能追加の日程>
   2020年9月1日(火) 10:00〜11:00
     ※qsubコマンドの更新は瞬間的なもののため、期間中はご利用可能です。

 <注意事項>
     s_vmemおよび、mem_reqには、同じ値を指定してください。
     s_vmemおよび、mem_reqに同じ値を指定していないジョブをqsubコマンドで投入しようとすると、以下のように実行に失敗します。
     
     ・失敗例
      $ qsub -l s_vmem=8G,mem_req=4G -b y sleep 60
           Unable to run job: attributes "s_vmem"and"mem_req"must be equivalent.

【UnitA】メンテナンスによるtmem.qの停止のお知らせ

 UnitAのUGEのtmem.qについて、メンテナンスにより、一時停止となります。
メンテナンス期間中、tmem.qにて投入されたジョブは、待ち状態(qw)になり、メンテナンス終了後、自動的に実行となります。
メンテナンス開始時に実行中のジョブについては、ジョブ終了を待ってメンテナンスを開始します。メンテナンス開始近くのtmem.qでのジョブ投入については、お控えいただくよう、ご協力をお願いいたします。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご理解、ご協力をお願いいたします。

 <メンテナンス期間>
   2020年8月28日(金) 17:00 〜 2020年8月31日(月) 12:00(予定)
    ※メンテナンス期間は、予定終了時間を超える場合があります。メンテナンス完了は、本ポータルサイトの「お知らせ」にてご確認ください。

【UnitA,UnitC】ニアラインストレージ(/nshare1)の障害のお知らせとデータ退避のお願い

 旧システムの有効活用として、中間データなどの利用頻度が少なく、再作成可能なデータの保管場所としてUnitA、UnitCにニアラインストレージ(ホームディレクトリの下のnearlineという名称の/nshare1へのシンボリックリンク)をご提供しておりましたが、保守切れとなり、ホームディレクトリ等への退避をお願いしておりました。
 現在、UnitAのニアラインストレージの一部に障害が発生しており、サービス終了がいつになるか予測不能な状態です。
サービス終了の際は、データが消失し、復旧できません。
 UnitAおよび、UnitCで、再作成が不可能なデータをニアラインストレージに保存している場合は、お早めにホームディレクトリ等への退避をお願いいたします。


【UnitA】NoMachineNX(NXクライアント)のアップデートのお願い

 UnitAのNoMachineNXサーバのバージョンを 6.10.12 に更新しました。
NoMachineNX(NXクライアント)の5系バージョンをインストールしてご利用の方は、不具合が発生する可能性があります。
UnitAのアカウントをお持ちで、NoMachineNX(NXクライアント)の5系バージョンをインストールしてご利用の方、または、これからインストールをご希望の方は、ゲノムプラットフォーム連携センターにご連絡をお願いします。


【UnitC】Webサービス向けの自動起動サービスのお知らせ

 UnitCにて、Webサービス向けの自動起動サービス(supervisor)の運用を開始しました。
supervisorは、ご利用者が立ち上げたWebサービスを監視し、予期せぬサービス停止やサーバ再起動時に、自動でサービスを起動することが可能です。
詳細については、UnitCのポータルサイトをご確認ください。
なお、UnitBについては、現在、運用に向けて準備中です。
■詳細
 UnitCのポータルサイトの「利用方法」ー>「22.ユーザプロセス自動起動ツール(supervisor)について」


インストールしたソフトウェアについて

 6月、7月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


ToMMoスパコンニュースNo.28(2020.7.14 発行)

2020年度スーパーコンピュータ利用講習会の資料と動画配信のお知らせ

 今年度のスーパーコンピュータ利用講習会について、資料とYouTubeでの動画配信を行っております。
下記の受講方法にて、ご利用の際、資料または、動画の確認をお願いいたします。

 ■内容


  ■受講方法
      資料の取得先、受講用のURLは、2020/7/1のメールおよび、今月のスパコンニュースのご案内メールにてお知らせしておりますので、ご確認ください。
      また、各Unitのポータルサイトの「利用方法」ー>「講習会・説明会資料」でもご確認が可能です。
      講習会に関するお問い合わせは、lecture@sc.megabank.tohoku.ac.jpにご連絡をお願いいたします。

【UnitA】NoMachineNX(NXクライアント)利用不可のお知らせ

 下記の期間中、メンテナンスに伴い、UnitAのNoMachineNX(NXクライアント)がご利用できない状態となります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご協力をよろしくお願いいたします。

<メンテナンス日時>
   2020年7月16日(木) 8:30〜9:30 

 ※メンテナンス情報については、本ポータルサイトの「メンテナンススケジュール」および、各Unitのポータルサイトの「お知らせ」に記載しております。ご利用の際は、ご確認ください。
 ※UnitAのアカウントをお持ちで、NoMachineNX(NXクライアント)のインストールをご希望の際は、ゲノムプラットフォーム連携センターにご連絡ください。


スパコン利用状況アンケートへのご協力のお願い

 今月のスパコンニュースのご案内メールに、スパコン利用状況に関するアンケートのURLを記載しております。
今後のスパコンのご利用促進、サービス提供に役立てて参りますので、アンケートへのご協力をお願いいたします。


スパコン利用料改定のお知らせ

 スーパーコンピュータ利用料内規が改定となりました。2つのコースの新設とコース名が変更となりました。(これまでの料金に変更はありません。)
AMED課題事業によるご利用、情報分譲、共同研究でご利用の際は、ご確認をお願いいたします。
<詳細>

ToMMoスパコンニュースNo.27(2020.6.19 発行)

2020年度スーパーコンピュータ利用講習会のお知らせ

 今年度のスーパーコンピュータ利用講習会は、一部オンラインと動画配信により、下記のとおり開催いたします。

<オンライン(予定)>
 ■開催日
       2020年6月26日(金) 11:00〜11:30
 ■内容

 ■受講対象者
      ご利用者全員
      これからご利用予定の方
 ■受講方法
       オンラインで開催します。URL等の詳細は、別途、メールでご連絡いたします。
 ■その他
      資料および、オンライン講習会の動画については、7/1以降に取得・視聴を可能とする予定です。


   <動画配信>  ■配信開始日      2020年7月1日(水)  ■内容 ■受講対象者       スパコンアカウントをお持ちのご希望者 ■受講方法       受講用のURLは、別途、メールでご連絡いたします。

これまでの講習会の資料については、各Unitのポータルサイトの「利用方法」ー>「講習会・説明会資料」にてご確認ください。


【UnitB】NoMachineNX(NXクライアント)利用不可のお知らせ

 下記の期間中、メンテナンスに伴い、UnitBのNoMachineNX(NXクライアント)がご利用できない状態となります。
ご不便をおかけして恐縮ですが、ご協力をよろしくお願いいたします。

<メンテナンス日時>
   2020年6月26日(金) 8:30〜9:30 


申請書の様式変更のお知らせ

 ご利用中の個人アカウント、プロジェクトアカウント、グループで生じた変更の際に使用する「スーパーコンピュータ利用変更申請書」について、記載いただく内容の簡易化を目的に、様式を変更いたしました。
申請書は、予告なく様式を変更する場合もありますので、申請を行う際は、下記よりダウンロードして最新の申請書を使用するよう、ご協力をお願いいたします。

<申請書の取得場所>
 https://sc.megabank.tohoku.ac.jp/application/application_tommo
 本ポータルサイトの左側メニュー
     「利用申請」ー>「各種申請と書類」


インストールしたソフトウェアについて


スパコン利用状況アンケートへのご協力のお願い

 今月のスパコンニュースのご案内メールおよび、後ほどお送りするスパコン講習会のご案内メールに、スパコン利用状況に関するアンケートのURLを記載しております。
今後のスパコンのご利用促進、サービス提供に役立てて参りますので、アンケートへのご協力をお願いいたします。