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ToMMoスパコンニュースNo.20(2019.11.27発行)

【UnitB,UnitC】新データ共有ストレージNASの利用について

 
 12月より新しいデータ共有ストレージNAS(¥¥fsrv)が利用開始となります。
データ共有ストレージNAS(¥¥fsrv)を利用することにより、シンクライアント端末から仮想デスクトップにログインしたユーザ間でデータ共有が可能です。
 利用方法については、UnitB、UnitCのポータルサイトのトップページの「お知らせ」または、
  「利用方法」ー>初めての方へ(設定の流れ)ー>「12.【情報共有】データ共有ストレージNASの利用方法」をご確認ください。

※これまで、データ共有ストレージNAS(¥¥qnap)をご利用になっている情報管理責任者/担当者の方には新NAS(¥¥fsrv)への移行について、ご連絡しております。
 期日までに、お手続きをお願いいたします。


プロジェクトアカウントで新規作成ファイル/ディレクトリのパーミッション変更について

 現在、プロジェクトアカウントで新規作成したファイルおよびディレクトリのパーミッションは、OtherにRead権限が付与されます。
これまで、変更が必要な場合は、ご利用者に設定ファイルを編集いただいておりました。
下記日程に、プロジェクトアカウントが新規作成したファイルおよびディレクトリのパーミッションについて、グループのWrite権限が外れ、Otherの全ての権限を外す設定に変更します。
※設定ファイルでumaskを個別に設定している場合は、設定ファイルの値が優先されます。
また、個別にchmodコマンドでパーミッションの変更が可能です。

 変更日時:
  2019/12/2 (月) 午前 UnitC
  2019/12/3 (火) 午前 UnitA
  2019/12/4 (火) 午前 UnitB


【UnitB,UnitC】仮想デスクトップ画面の表示不具合時の対処法について

 シンクライアント端末から仮想デスクトップにログインした際、通常の青い背景画面と黒画面が交互に表示する等、不具合が発生する場合があります。画面の表示に不具合が発生した場合は、下記の手順の操作を実施してください。
画面の状態等の詳細はこちらを参照ください。

※詳細は、UnitBおよびUnitCのポータルサイトの「お知らせ」にも掲載しております。

  1. 画面上部のメニューバーの[オプション]ー>[デスクトップをリセット]をクリック
  2. 再度、指紋認証で仮想テスクトップにログイン

【UnitB】クイック書き出しの廃止のお知らせ

 これまで、情報管理責任者、情報持込・持出責任者に権限を付与していた「クイック書き出し」について、UnitC同様、廃止することとなりました。
情報管理責任者、情報持込・持出責任者の方は、「ファイル書き出し」で申請し、ご自身の申請を承認することが可能です。
より安全にご利用いただくため、ご理解、ご協力をお願いいたします。

 
 TMMデータの持ち出しに関して、持ち出し判断フローをUnitBのポータルサイトの下記に掲載しました。
データ持ち出しの際、ご確認をお願いいたします。
UnitBのポータルサイトの[情報管理担当者用]ー>[データ持ち出しについて]ー>[データ持出承認手順]ー>[【参考】スパコンからのTMMデータ持出判断フロー]


インストールしたソフトウェアについて(10月〜11月)

 10月〜11月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


キーロック付きHDD/USBメモリによるデータ持ち込み手順

持ち込みたいデータを保存した、キーロック付きHDD/USBメモリを利用してデータを持ち込むことが可能です。
事前にメールで申請し、データを保存したキーロック付きHDD/USBメモリをゲノムプラットフォーム連携センターに送付または、持参してください。
※キーロック付きHDD/USBメモリの貸出、送付については、ゲノムプラットフォーム連携センターにお問い合わせください。
※使用するキーロック付きHDD/USBメモリは、ゲノムプラットフォーム連携センター推奨のデバイスです。

申請手順

  1. データを持ち込みたい方は、データを持ち込みに使用するデバイスに保存します。
  2. 以下の項目をapply@sc.megabank.tohoku.ac.jpにメールして申請します。
      (1)持込申請者(所属分野/氏名)
      (2)情報持込責任者(所属分野/氏名)
      (3)対象データの説明
         (a)公開ソフトウエア・データの場合 : 名称・ダウンロード元URL
         (b)非公開ソフトウエア・データの場合 : 関連するプロジェクト名・簡単な説明
      (4)持ち込みに使用するデバイス(キーロック付きHDD/キーロック付きUSBメモリ)
      (5)持ち込み先パス
       例:UnitC /home/taro/work
      (6)オーナー・パーミッション(ディレクトリおよびファイルのオーナーとパーミッションを記載ください)
       例:[オーナー]taro:tommogroup [パーミッション]ディレクトリ750、ファイル640
      (7)備考
    
  3. データが保存されたデバイスをゲノムプラットフォーム連携センターに送付または、持参します。
    ※持参した場合は、引換券をお渡ししますので、データ持込完了まで保管してください。  
    ※データ持込完了はメールでご連絡します。
    ※対象データの容量、申請状況等により、完了まで長期間を要する場合があります。あらかじめご了承ください。

デバイスの返却

データ持込完了後、デバイスを返却します。

  1. 持参した場合は、データ持込完了メールを確認後、引換券を持ってゲノムプラットフォーム連携センターへお越しください。
    送付の場合は、着払いにて返却します。

【Unit1,2,3,4】 テープライブラリの一時運用停止について

次期システム(Phase2)用テープライブラリのメンテナンスを実施致します。
作業に伴い、下記の通り一時テープ運用を停止します。

1) メンテナンス実施日時
2018年2月5日 (月) 9:00 ~ 2018年2月26日(月) 9:00

2) 作業内容
・テープライブラリの基本筐体の入替え
・テープドライブの増設
・関連ソフトウェアの更新

3) 利用者への影響
・上記期間、全Unitの日次バックアップは停止します。
・Unit3階層化ストレージのGPFS領域利用に、以下の影響があります。

◆2018年2月5日(月)9:00 ~ 2018年2月19日(月) 9:00
・/gshare1, /gshare2配下のデータはRead Onlyで利用が可能です。
・/gshare1, /gshare2とテープ間でのマイグレーションおよびリコールができません

◆2018年2月19日 (月) 9:00 ~ 2018年2月26日(月) 9:00
・/gshare1, /gshare2配下のデータはご利用いただけません。
・/gshare1, /gshare2とテープ間でのマイグレーションおよびリコールができません

利用者の皆様にご不便をおかけすることになりますが、
ご理解とご協力をお願い致します。

ToMMoスパコンニュースNo.3(2018.1.16発行)

スーパーコンピュータシステムの更改について

 2018年4月より、スーパーコンピュータシステムが更改となります。
システム更改に伴い、下記についてご理解とご協力をお願いいたします。

  1. 次期システム導入のための全システムの利用停止
      

    システム停止期間
             2018/1/26(金) 9:00 〜 2018/1/29(月) 9:00
  2. UGEで利用可能なノード数の削減
  3. 接続機器保守のためUnit3、Unit4のシステム利用停止
  4.   

    Unit3,Unit4システム停止期間
            2018/2/5(月) 〜 2018/2/9(金)の間の1日実施予定
             2018/2/9(金) 9:00 〜 17:00
         ※詳細は別途お知らせいたします。
  5. 日次バックアップの停止 [予定:2018/2/5(月) 〜 2018/2/25(日)]
  6. Unit3のGPFSの書込み停止(read only) [予定:2018/2/5(月) 〜 2018/2/18(日)]
  7. Unit3のGPFSの利用停止 [予定:2018/2/18(日) 〜 2018/2/25(日)]
  8. 現システムから次期システムへのデータ移行 [予定:2018/2/9(金) 〜 2018/3/23(金)]
  9. グループアカウントによる運用

3〜7の詳細については、メールや説明会等にてお知らせいたします。ご不明な点は、説明会等またはメールにてお問い合わせください。


メンテナンス情報のお知らせと確認方法について

 これまで、全てのメンテナンス情報をメールでお知らせしておりましたが、重大なものと軽微なものが乱立し、重大なお知らせが見落とされる傾向があることから、下記のような運用を行うこととなりました。ご理解、ご協力をお願いいたします。

これまで
  1. 全てのメンテナンスについて、メールでお知らせ
  2. 全てのメンテナンスについて、本ポータルサイトの「ホーム」のメンテナンススケジュールに掲載
2018年より
  1. 利用者への影響が軽微なメンテナンスについてはメールでお知らせいたしません。
    (例) Lusterへのアクセスが遅延する可能性のあるメンテナンス等
  2. 利用者への影響が重大なメンテナンス、障害について、メールでお知らせいたしまます。
    (例) システム停止を伴うメンテナンス等
  3. 全てのメンテナンス情報について、本ポータルサイトの「ホーム」のメンテナンススケジュールに掲載
注意

各Unitのポータルサイトには、メンテナンス情報の掲載はいたしません。
メンテナンスの有無については、ご利用前に、本ポータルサイトの「ホーム」のメンテナンススケジュールをご確認ください。


解析ツールの更新について

 下記のインストール済みの解析ツールについて最新バージョンに更新しました。

ant-1.10.1
biojava-4.2.9
biopython-1.70
BioPerl-1.7.1
cutadapt-1.15
Cython-0.27.3
Eigen-3.3.4
firefox-45.9.0esr
GenomeAnalysisTK-3.8-0
gnuplot-5.2.2
hdf5-1.10.1
IGV-2.4.4
MAFFT-7.313
meme-4.12.0
openmpi-3.0.0_gcc
ruby-2.4.2
snpEff-4.3t
svn-1.9.7
trinityrnaseq-2.5.1
VCFtools-0.1.15
virtualenvwrapper-4.8.2
zlib-1.2.11
plink-1.90b5.1

■確認方法

各Unitのポータルサイトの[ソフトウェア構成]の検索窓に確認したい解析ツールを入力します。解析ツールのインストール、更新をご希望の場合は、お問い合わせください。


年度更新手続きについて

 スーパーコンピュータシステムの利用期限は、年度末の2018年3月31日となります。
次年度も利用される場合は、更新申請が必要となります。年度更新手続きについては、別途ご連絡いたします。
 次年度のご利用予定がない方については、アカウント利用休止・停止申請書のご提出をお願いいたします。


第2回ユーザ会開催のご案内

 利用者間の交流および、情報共有の場を目的とし、2017年11月より年4回、ユーザ会を開催しております。
今回は、下記の内容について情報共有を予定しております。

■日時
 2018年2月28日

■内容

     

No. 内容
1 スーパーコンピュータ運営委員会でのトピック抜粋
2 次期システム関連伝達事項
3 質疑

※内容は変更になる可能性があります。

ユーザ会開催月(予定)
2月/5月/8月/11月

詳細は、別途ご連絡いたします。


ディスククオータ設定の変更について

 Unit1p、Unit1a、Unit1bの区画について、クオータ値を変更いたしました。

データ削減、グループアカウントでの運用にご協力いただき、ありがとうございます。
まだご対応中の方についても、引き続き、ご対応をお願いいたします。

【2017スパコン講習会】Linux基礎(基本編)、Linux基礎(応用編)受講のご案内

Linux基礎の日程と内容

No. 日付 時間 講習会名 受講対象者 概要
1 2017/12/4(月) 13:00〜14:30 Linux基礎(基本編) 希望者
事前申込必須
Unit1pに接続し、Linuxの基本的なコマンドについて実習
5 2017/12/5(火) 14:00〜15:30 Linux基礎(応用編) 希望者
・Linux基礎(基本編)受講者
・基本的なコマンド利用可能な方
事前申込必須
Unit1pに接続し、研究業務にて役立つコマンドについて実習

※Unit1pのアカウントをお持ちでない方は、実際にコマンドを実行する実習ができなくとも、聴講は可能です。


参加資格

円滑な進行を行うため、参加資格を設けております。
下記を全て満たす方のみ、ご参加可能です。

  1. 事前に申込されている方
  2. Unit1pのアカウントをお持ちの方
  3. Unit1pにログインしたことがある方
  4. Unit1pにログイン可能なノートパソコンをお持ちの方
  5. ノートパソコンから無線でインターネット接続(無線LAN接続)が可能な方

■Unit1pのアカウントをお持ちでない方

申請書のご提出をお願いいたします。

  • どの区画にもアカウントがない場合
    スーパーコンピュータ利用申請書兼誓約書
  •  

  • 他の区画にアカウントがある場合
    利用変更申請書

<申請書取得場所>

 こちらからダウンロードしてご記載ください。

■持ち物

Unit1pに接続可能なノートパソコン

■インターネット接続について

Unit1pへの接続は、インターネット接続となります。
無線でインターネット接続可能となるよう準備をお願いします。

<大学内無線LAN>

seiryo-user

※東北IDとパスワードが必要となります。

<その他>

大学内無線LANが利用できない方はご相談ください。


申込について

■申込方法

こちらをクリックして、申込ください。

■申込締切
2017/11/20(月)


Unit1pのサポートについて

ログインができない方、操作に不慣れな方など、下記日程にてサポートいたします。
ご相談の際は、ご利用いただくノートパソコンをお持ちください。

■日時

 2017/11/27(月) 10:00〜11:00
 2017/11/27(月) 15:00〜16:00

■場所

 メガバンク棟1F カンファレンス室1

ToMMoスパコンニュースNo.1(2017.11.9発行)

2017年11月ユーザ会開催のご案内

 利用者間の交流および、情報共有の場を目的とし、2017年11月より年4回、ユーザ会を開催いたします。
今回は、下記の内容について情報共有を予定しております。

■日時
 2017年11月

■内容

No. 内容
1 スーパーコンピュータ運営委員会でのトピック抜粋
2 システム関連伝達事項
3 ゲノムプラットフォーム連携センターからのご連絡
4 質疑
5 ディスク使用状況とクオータの変更について

※内容は変更になる可能性があります。

ユーザ会開催月(予定)
2月/5月/8月/11月

詳細は、別途ご連絡いたします。


2017年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内

 今年度も、利用者の皆様にToMMoスーパーコンピュータシステムへの理解を深めていただくことを目的に、講習会を開催いたします。
今回は、新たにLixuxの基礎をハンズオンにて学べるよう企画しております。(事前準備が必要なため、必ず申込をお願いいたします。)
是非ご参加ください。

■詳細

https://sc.megabank.tohoku.ac.jp/2017_lec


NXサーバにおけるメモリ使用量の制限について

 少数ユーザの大量メモリ消費によるサーバ全体への影響回避のため、各UnitのNXサーバに対し、リソース制限としてメモリの使用量の制限(物理メモリ : 16GB)を導入しております。
 NXサーバでの大量のメモリを使う処理を実行して、1ユーザ当たりのメモリ使用量の上限(16GB)に達した時点で、処理が強制終了となります。
大量のメモリを使う処理を実行する場合、以下のいずれかかを実施するよう、お願いいたします。

  1. qlogin用ノード上での実行
  2. 共有メモリ型計算機での実行

    Unit1p tma101
    Unit1a cla208(256GBメモリ)
    Unit1b clb208(256GBメモリ)
    Unit3 tmc101
    Unit4 tmd101、tmd201
  3. UGEによるジョブの投入

便利なコマンド(ldapid)について

 スーパーコンピュータ上でご自身が所属するグループおよび、グループアカウントについて、下記のことが確認できるコマンドがあります。
データ共有時や申請時に実行してご確認ください。

  • 所属しているグループのメンバーの確認
  • グループアカウントに紐付けされているアカウントの確認

詳細は、各Unitのポータルサイトの「利用方法」ー>ソフトウェア利用方法ー>スーパーコンピュータ用独自コマンド「ユーザ情報の確認(ldapidコマンド)」をご確認ください。

<実行例>

$ ldapid
======================================
unitX User LDAP confirmation tool
======================================
[No] UserName:(UserID):PrimaryGrp,SubGrp...
======================================
[ 1] taro(uid=0000) [taro.seiryo]: lab1,lab2
[No] UserID: PublicKey condition
======================================
[Belong with]     proj1 [Shared User]
[Belong with]     proj2 [Shared User]
======================================
[No] GroupName:(GroupID):Member...
======================================
[SELECT] proj1(gid=1111):
[ 1] proj1: proj1
[ 2] aoba: aoba.miyagi
[ 3] hagi: hagi.tsukino

便利なコマンド(showquota)について

 自分自身および、所属するグループのディスク使用量やクオータの設定値を確認できるコマンドがあります。
個人のアカウントとグループアカウントには、ディスク使用量を制限しております。制限値を超えた状態で7日間経過すると、ファイルの書込みができなくなりますので、定期的にコマンドで現状をご確認ください。
なお、Unit1p以外の区画について、制限値の90%を超えた場合は、シンクライアントメールで通知することを開始しました。

<実行例>

$ showquota
=============== User Quota Information  ===============

[BLOCK quota of seiryo account]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :       0.06TB/     20.00TB/     25.00TB
/share3    :       0.00TB/     20.00TB/     25.00TB

[I-NODE quota of hirano account]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :        31837/   100000000/   125000000
/share3    :            0/   100000000/   125000000

=============== Group Quota Information ===============

[BLOCK quota of lab1 group]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :      41.12TB/     nolimit/     nolimit
/share3    :       0.00TB/     nolimit/     nolimit

[I-NODE quota of kinolab group]
filesystem :         used/   softlimit/   hardlimit
/share1    :     50477226/     nolimit/     nolimit
/share3    :            0/     nolimit/     nolimit

ご不明な点はお気軽にお問い合わせください。