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ToMMoスパコンニュースNo.19(2019.10.3発行)

【UnitA・ポータルサイト】10/16メンテナンスに伴う一時接続不可について

 ネットワークのメンテナンスに伴い、一時的にUnitAへのSSH接続ができない状態となります。
また、本ポータルサイトについても、一時的に閲覧ができない状態となります。
ご協力をよろしくお願いいたします。

メンテナンス作業日時
 2019年 10月16日(水) 12:00-13:00
   ※メンテナンス中、20分程度、接続できなくなります。

インストールしたソフトウェアについて(8月〜9月)

 8月〜9月にインストールしたソフトウェアおよび、バージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


【UnitC】UGEに新しいキュー追加のお知らせ

 UnitCのUGEに新しいキューを追加しました。
今回追加したキューは、旧スーパーコンピュータ(Phase1)の計算ノードの一部を利用可能としたもので、一時的な計算リソースの増強を目的としています。
ご利用方法等の詳細は、UnitCのポータルサイトをご確認ください。
<掲載場所>
 UnitCのポータルサイトの「ホーム」ー>「お知らせ」の「Phase1 Unit3の計算ノード90台の利用開始について」


【UnitB・UnitC】コールドストレージの利用者モニター募集のお知らせ

 休止または廃止するアカウントのデータや論文のデータ保全を目的としたコールドストレージの運用を検討しております。
そこで、機器の動作確認にご協力いただける利用者モニターを2名(先着)募集します。
データ保存に使用する媒体(約4万円)は、運用開始後は、利用希望者に購入いただく予定のため、この機会にぜひお試しください。
※利用者モニター当選者の発表は、10月中に、申請書等の手続案内をもってかえさせていただきます。

 <対象者>
    UnitBまたは、UnitCのスーパーコンピュータのアカウントを持ち、下記の注意事項をご理解いただける方

 <対象データ>
    3.3TB未満のスーパーコンピュータからデータ持ち出しが可能なデータ

 <注意事項>
     (1)保存に失敗する場合があります。その場合は、運用開始後に媒体をご購入いただき、ご利用ください。
     (2)データ保存が成功した場合、媒体の保管をお願いします。
     (3)運用に関するアンケート等にご協力をお願いします。

 <応募方法>
     件名に「コールドストレージ利用者モニター応募」と記載し、下記を記載のうえ、メールにてお申し込みください。
     利用者モニターに決定した方のみ、別途申請書等の手続をご案内します。
     (1)申請者名
     (2)所属
     (3)情報管理責任者の氏名
     (4)対象データのある区画(UnitB or UnitC)
     (5)対象データのパス(対象データは一つのディレクトリにまとめてください。)

 <申込先>
     ゲノムプラットフォーム連携センター
     support[at]sc.megabank.tohoku.ac.jp

【UnitB】データ持ち出し申請画面の変更のお知らせ

 UnitBの指紋認証付きUSBメモリを利用したデータ持ち出しの申請画面について、申請理由と選択肢を10月下旬に変更予定です。
 申請の操作自体に変更はありません。変更後は、持ち出す対象データに関して、該当する選択肢を選択ください。

 TMMデータの持ち出しに関しては、画面変更に合わせて、データ持ち出しの判断フローをUnitBのポータルサイトに掲載予定です。

より安全にご利用いただくため、ご協力をお願いいたします。


2019年9月、49名の皆様がToMMoスーパーコンピュータの見学・視察に訪れました。

2019年9月2日、東京大学大学院新領域創成科学研究科 鈴木 穰 様が見学に訪れました。
2019年9月11日、第5回環境応答国際シンポジウムToMMoツアーの皆様が見学に訪れました。
2019年9月12日、医薬情報システム研究会の参加者の皆様が見学に訪れました。
2019年9月17日、自民党 参議院議員 丸川 珠代 様が見学に訪れました。
2019年9月26日、日本臨床検査薬協会の皆様が見学に訪れました。
2019年9月27日、四川大学薬学部学生の皆様が見学に訪れました。
2019年9月27日、東京都健康長寿医療センターの皆様が見学に訪れました。


10/16メンテナンスに伴うポータルサイトとUnitAへの一時接続不可のお知らせ

メンテナンスに伴うポータルサイトとUnitAへの一時接続不可のお知らせ

 下記日程にてネットワークのメンテナンスを実施致します。
メンテナンス中、20分程度、一時的にポータルサイトの閲覧と、
UnitAへのSSH接続ができない状態となります。

[1] メンテナンス作業日時
 2019年 10月16日(水) 12:00-13:00

ご理解のほど、よろしくお願いいたします。

2019年8月、64名の皆様がToMMoスーパーコンピュータの見学・視察に訪れました。

2019年8月5日、一般財団法人情報サービス産業協会の皆様が見学に訪れました。
2019年8月8日、科学技術・学術政策局 角田 喜彦 様が見学に訪れました。
2019年8月14日、姫路市長 清元 秀泰 様が見学に訪れました。
2019年8月19日、内閣府特命担当大臣 平井 卓也 様が見学に訪れました。
2019年8月20日、プログラム検討会議の皆様が見学に訪れました。
2019年8月22日、GA4GH Executive Committee Chair Ewan Birney 様が見学に訪れました。
2019年8月23日、台北医学大学学生、中国薬科大学教員・大学院生の皆様が見学に訪れました。
2019年8月23日、三井物産ヘルスケア・サービス事業本部の皆様が見学に訪れました。

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ToMMoスパコンニュースNo.18(2019.8.9発行)

【重要:UnitA,UnitC】9月メンテナンスによる利用停止について

 メンテナンスに伴い、UnitAおよびUnitCのスーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、お知らせしたメールまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

メンテナンス作業日時
【UnitA】
  ・2019年9月9日(月) 9:00 〜 2019年9月10日(火) 17:00
      ※GPU解析サーバ(gpu_intr.q,gpu_dockers.q)のみ、
       2019年9月2日(月)9:00 〜 2019年9月10日(火) 17:00 に停止します。

【UnitC】
 ・2019年9月30日(月) 9:00 〜 2019年10月1日(火) 17:00
   ※GPU解析サーバ(gpu_intr.q,gpu_dockers.q)のみ、
     2019年9月24日(火)9:00 〜 2019年10月1日(火) 17:00 停止予定です。

2019年度スーパーコンピュータ利用講習会の動画・資料について

 2019年度の講習会は7/5に終了いたしました。
動画および資料については、東北大学インターネットスクール(ISTU)と、各Unitのポータルサイトにて公開しております。
下記手順でご確認ください。

<ISTU>
 1) 東北大学インターネットスクール( https://istu3g.dc.tohoku.ac.jp/istu3g/auth/login )にログイン

 2)「トップ」画面の「受講科目」のその他より、下記をクリック
  「2019年度ToMMoスーパーコンピュータ利用者講習会」

 3)共通教材の「2019年度ToMMoスーパーコンピュータ利用講習会(2019年7月5日開催)」をクリック
 
 4)取得する資料の右側の「ダウンロード」をクリック

  ※東北大学IDをお持ちでない方、閲覧できない方はお問い合わせください。

<各Unitのポータルサイト>
 左側メニューの「利用方法」 ー> 「講習会・説明会資料」
  ※UnitAのポータルサイトの閲覧手順はこちらをご確認ください。

※「Phase2サービス」、「UGEの使い方(基本編)」、「UGEの使い方(応用編)」の資料は、2019/7/5時点より、一部修正しております。


インストールしたソフトウェアについて(5月〜7月)

 5月〜7月にインストールしたソフトウェアおよびバージョンアップしたソフトウェアは以下のとおりです。
インストールパスは、各Unitのポータルサイトの「ソフトウェア構成」ページで確認してご利用ください。
また、インストールが必要なソフトウェアがある場合は、インストール申請をしてください。


ニアラインディスクサービスのクオータ90%超過の通知について

 中間データなど、利用頻度が少なく、容量の大きいデータの保管場所としてご利用可能なニアラインディスクサービスについて、UnitBおよび、UnitCでは、クオータの90%超過時、シンクライアントメールへの通知を開始しました。
超過の際は、データ整理をお願いします。

なお、ニアラインディスクサービスは、スパコンをご利用の全ての方がご利用可能です。
ホームディレクトリ下に下記のご利用可能なリンクを作成しておりますので、ぜひご利用ください。

<ご利用可能なリンク>

<注意事項>
※ニアラインディスクの領域について、品質を保証できません。
※重要なデータの保存はお控えください。
※消えても問題ない中間データの置き場としてご利用ください。
※UnitA、UnitCは、ログイン可能なノードでのみ利用可能です。


日次バックアップの制限値90%超過の通知について(UnitC)

 ホームディレクトリ下のbackupディレクトリに保存されたデータは、日次バックアップ対象としています。
現在、UnitCの日次バックアップは、下記の制限値を設定しております。
下記の制限値の90%を超過するアカウントについて、シンクライアントメールにて通知を開始しました。
超過の際は、データ整理をお願いします。
今後、UnitAおよびUnitBについても日次バックアップについて、制限値を設定する予定です。

<日次バックアップの制限値>


お盆期間について

 お盆期間について、ゲノムプラットフォーム連携センターは通常どおり運用いたします。


2019年7月、169名の皆様がToMMoスーパーコンピュータの見学・視察に訪れました。

2019年7月2日、メディシナルハブ勉強会の皆様が見学に訪れました。
2019年7月2日、シード・プランニング社が見学に訪れました。
2019年7月8日、文部科学省大臣官房審議官 増子 宏 様が見学に訪れました。
2019年7月17日、National Taiwan University Prof. Feipei 様が見学に訪れました。
2019年7月17日、総合科学技術イノベーション会議 上山 隆大 様が見学に訪れました。
2019年7月19日、フォーラム21勉強会の皆様が見学に訪れました。
2019年7月22日、仙台市立加茂中学校科学部の皆様が見学に訪れました。
2019年7月25日、内閣官房 健康・医療戦略室の皆様が見学に訪れました。

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2019年6月、55名の皆様がToMMoスーパーコンピュータの見学・視察に訪れました。

2019年6月6日、ダイキン工業(株)テクノロジー・イノベーションセンターの皆様が見学に訪れました。
2019年6月19日、特許庁審査第三部長 岩崎 晋 様が見学に訪れました。
2019年6月27日、衆議院議員 甘利 明 様が見学に訪れました。
2019年6月28日、東北経済産業局地域経済部製造産業課の皆様が見学に訪れました。

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2019年度スーパーコンピュータ利用講習会について

講習の追加と資料の取得手順について、追記しました。(2019/7/3)


■開催日
2019年7月5日(金)

■会場
6号館(東北メディカル・メガバンク棟)1F 講堂
地図
※事前申し込みは不要です。直接会場へお越しください。

■詳細

No. 日付 時間 講習名 受講対象者 概要
1 2019/7/5(金) 11:00〜12:00 セキュリティ概要とToMMoスパコン利用に関して 全員 安全にご利用いただくためのセキュリティの説明です。情報管理責任者、情報持込・持出責任者、情報管理担当者の方は、必ず受講ください。
2 2019/7/5(金) 13:00〜14:00 Phase2サービスについて 希望者 ・DGX-1の利用方法について
・Pitagola-Galaxy利用について
・Docker利用について
・Singularity利用について
・日次バックアップについて
・ニアラインストレージについて など
3 2019/7/5(金) 14:30〜15:30 UGEの使い方 希望者 ・追加機能変更点の紹介
・投入可能なジョブ、実行結果の確認方法
・スロットとメモリの指定方法
・アレイジョブ、依存関係ジョブについて
・MPIジョブの実行について
・Dockerジョブの実行について
・Singularityを使用するジョブ実行について
・gpu_intr.qについて
DGX-1の利用方法について など
4 2019/7/5(金) 16:00〜16:30 jMorpについて 希望者 Japanese Multi Omics Reference Panel (jMorp) の利用方法の概要を、実際のWebサイトを用いたデモを通じて紹介する。
※資料はありません。

※時間、内容は変更になる可能性があります。
※終了後等、会場でのご質問も受付いたします。

■資料
当日配布はいたしません。
下記の手順にて資料の取得をお願いいたします。
※講習会終了後も資料の取得は可能です。
※資料の取得には東北大IDが必要です。東北大IDをお持ちでない場合は、下記へお問い合わせください。
※「UGEの使い方」については、基本編、応用編の取得をお願いいたします。

<資料取得手順>
1) 東北大学ポータルサイト( https://istu3g.dc.tohoku.ac.jp/istu3g/auth/login )にログイン

2)「トップ」画面の「受講科目」のその他より、下記をクリック
「2019年度ToMMoスーパーコンピュータ利用者講習会」

3)共通教材の「2019年度ToMMoスーパーコンピュータ利用講習会(22019年7月5日開催)」をクリック
 
4)取得する資料の右側の「ダウンロード」をクリック

■その他
当日は動画撮影いたします。当日参加が難しい場合は、動画による受講も可能です。

■お問い合わせ
ゲノムプラットフォーム連携センター
lecture@sc.megabank.tohoku.ac.jp

ToMMoスパコンニュースNo.17(2019.6.12発行)

UnitB、UnitCへのデータ持ち込み手続きの簡略化について

 データ持込自動化スクリプトによるデータ持ち込みについて、データ持込したい方が申請および手続きを行う運用に変更となりました。
主な変更点、手続きの手順は以下のとおりです。
※データ持ち出し手続きの簡略化ではありません。

主な変更

手続きの手順
 本ポータルサイトの左側メニューの「利用申請」 ー> 「各種申請と書類」 
ー> 「データ持ち込みに必要な申請」
h-0 データ持ち込みの事前準備
h-1 データ持込自動化スクリプト


【重要:UnitB】[6/25-26]メンテナンスに伴うスパコン利用不可のお知らせ

 メンテナンスに伴い、UnitBのスーパーコンピュータにログインできない状態となります。
詳細については、お知らせしたメールまたは、当サイトのメンテナンス情報をご確認ください。
該当の日付をクリックすると詳細が表示します。

メンテナンス作業日時
 ・2019年6月25日(火) 9:00 〜 2019年6月26日(水) 12:00
 
  ※GPU解析サーバ(gpu_intr.q,gpu_dockers.q)のみ、
   2019年6月17日(月) 〜 2019年6月26日(水) 12:00 停止します。

2019年度スーパーコンピュータ利用講習会のお知らせ

 今年度は、安全にご利用いただくためのセキュリティに関する内容や、スーパーコンピュータのサービスの紹介等を行う予定です。
詳細は下記にてご確認ください。

■開催期間
2019年7月5日(金)

■会場
6号館(東北メディカル・メガバンク棟)1F 講堂

■詳細
こちら